4）miR-337-3p/miR-137在子宮內(nèi)膜*組織中表達較低，miR-337-3p/miR-137是MIR210HG的靶點 qPCR結果顯示，**組織中miR-337-3p和miR-137的表達明顯下調(diào)(圖4A)。此外，采用Pearson等級相關法分析miR-337-3p、miR-137與MIR210HG表達的相關性(圖4B)。隨后，我們分析了HMGA2與miR-337-3p/137表達的關系(圖4C)。我們進行了熒光素酶實驗，以確定MIR210HG是否可以直接靶向miR-337-3p和miR-137在預測的結合位點(圖4D)。為了確定MIR210HG是否與miRNA核糖**白...

10.EVs介導的ELNAT1與BCa淋巴結轉移相關 確定EVs介導的ELNAT1在BCa淋巴結轉移中的臨床意義十分重要。首先，作者發(fā)現(xiàn)來自BCa患者的尿中EVs與配對BCa組織的ELNAT1表達呈正相關，這意味著EVs介導的ELNAT1是BCa中ELNAT1調(diào)控的重要參與者（Figure10A）。同時，BCa患者的尿中EV介導的ELNAT1過表達與BCa的淋巴結轉移呈正相關（Figure10B）。EV介導的ELNAT1表達較高的BCa患者總生存期（OS）和無病生存期（DFS）率較短（Figure10C-D）。ROC分析顯示尿液中EV介導的ELNAT1可有效區(qū)分BCa患者與健康志愿者...

作者構建了 (WT) SLC7A113’-UTR和突變型(Mut) 3’-UTR兩種質(zhì)粒(圖6H)。結果表明，只有過表達YTHDC2WT降低SLC7A11 mRNA在H1299細胞中的穩(wěn)定性，敲除YTHDC2可以提高SLC7A11 mRNA在H1975細胞中的穩(wěn)定性。然而，與WT 3’-UTR相比，Mut報告基因的這些作用減弱(圖6I和J)。在檢測外源性F-Luc-SLC7A11融合mRNA的RNA穩(wěn)定性后，得到了類似的結果(圖6K-M)。總的來說，3’-UTR上的m6A位點對于YTHDC2使SLC7A11 mRNA不穩(wěn)定至關重要。 7.抑制YTHDC2對XC-系統(tǒng)靶向***敏感，并...

2021年，來自加拿大多倫多大學和加拿大溫哥華英屬哥倫比亞大學等團隊合作在Nature communication雜志上發(fā)表了文章“Biological and therapeutic implications of a unique subtype of NPM1 mutated AML.”。此報道描述了npm1突變AML患者的分子異質(zhì)性?；趓na-seq的基因表達譜分析，確定了兩種新亞型，稱為原始型和committed型?；诨虮磉_、表觀基因組(ATAC-seq)和免疫表型(CyToF)的差異，在**的AML隊列中將亞型與特定的分子特征、疾病分化狀態(tài)和患者生存聯(lián)系起來。此外，表明了在缺...

五、YTHDF1以m6a依賴的方式調(diào)控FZD7的表達 在GC-803和胃*細胞株基礎上，進行m6A-qPCR和YTHDF1 RIP qPCR的基因特異性分析。確實，在FZD7 mRNA中觀察到兩個m6A峰，并且在MGC-803和HGC-27細胞中證實了與YTHDF1的關聯(lián)(圖5A和B)。標記YTHDF1突變體(YTHDF1- mut)具有兩個關鍵氨基酸突變(K395A, Y397A)以消除其m6binding口袋(44)，將其轉染到MGC-803和HGC- 27細胞中(圖5C)。在YTHDF1野生型(YTHDF1- wt)轉染的胃*細胞中觀察到的FZD7表達上調(diào)在YTHDF1- mu...

為了進一步確定過表達的Caspase-11是否足以加重MCD誘導的NASH，我們給小鼠使用了Caspase-1抑制劑belnacasan。belnacasan******降低MCD***對照組小鼠的脂肪變性評分(圖8H)。相比之下，belnacasan***不影響MCD處理的Caspase-11過表達小鼠的脂肪變性評分。同樣，belnacasan處理***降低了MCD處理對照組小鼠的腫脹評分(圖8I)、血清ALT(圖8J)、AST(圖8K)和肝臟甘油三酯(圖8L)，而MCD處理過表達Caspase-11小鼠的這些指標沒有明顯影響。綜上所述，過表達Caspase-11足以促進MCD誘導的小鼠...

7）FOXO3A/LINC00926/PGK1軸調(diào)節(jié)乳腺***生長和肺轉移 為了證實FOXO3A/LINC00926/PGK1通路的體內(nèi)表型，我們首先通過將MDA-MB-231細胞注射到BALB/c小鼠的乳腺脂肪墊上，研究了LINC00926/PGK1軸對乳腺*生長的影響。與預期的一樣，下調(diào)LINC00926***增加了乳腺**的生長。相反，當PGK1被敲除時，**生長被抑制。更重要的是，當PGK1被敲除時，LINC00926敲除對**生長的影響***減弱(圖7A-7C)。接下來，我們研究了FOXO3A/LINC00926軸對乳腺*生長的影響。結果顯示FOXO3A過表達***降低了乳...

2017年俞立團隊進一步研究發(fā)現(xiàn)，整合素與ECM蛋白的配對結合決定了遷移體的形成[2]，該研究成果也發(fā)表在CellResearch期刊。2108年俞立團隊明確闡述了收集和檢測遷移體的實驗方法[3]。2019年，俞立團隊發(fā)現(xiàn)Tspan4和膽固醇在遷移體形成時組織成為微米級大型微結構域，這一結構即遷移體的基本結構，還證實遷移體的形成是局部富集的Tspan4使遷移體所在膜結構的剛度增加而產(chǎn)生的一種生物物理過程[4]，該研究成果發(fā)表于NatureCellBiology期刊中（IF=）。并同年在同期刊中發(fā)表，遷移體在斑馬魚原腸胚形成中影響***形態(tài)發(fā)生，Tspan4a和Tspan7（遷移體生...

2021年6月，***一篇發(fā)表在Microbiome（IF=11.607）的文章（Microbiota long-term dynamics and prediction of acute graft-versus-host disease in pediatric allogeneic stem cell transplantation.）從共生功能體視點的角度對29名接受同種異體造血干細胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了口腔和鼻子中的細菌可能預測急性移植物抗宿主病(aGvHD)。監(jiān)測HSCT患者不同身體部位的微生物群，特別是通過移植前樣本的參與，...

為了確定METTL3促進**細胞增殖的機制，檢測了METTL3在ESCC細胞上轉錄調(diào)節(jié)中的作用。METTL3缺失降低了KYSE180細胞中m6A的總豐度。甲基化RNA免疫沉淀（MeRIP）和m6A特異性抗體，然后進行RNA測序（MeRIP-seq），發(fā)現(xiàn)KYSE180的mRNA中鑒定的m6A位點與RRACH序列一致。m6A信號在mRNAs的終止密碼子和3′-非翻譯區(qū)富集。在MeRIP-seq中METTL3缺失減少了1101個基因的mRNAs中1199個m6A峰。轉錄組測序發(fā)現(xiàn)METTL3缺失調(diào)節(jié)2973個基因的表達。二者取交集發(fā)現(xiàn)共有93個基因重疊。MeRIP-seq中細胞成分（CC）項的基因...

6、CDK4/6抑制誘導T細胞表型與免疫檢查點***的良好反應相關 在臨床小鼠模型中，CDK4/6抑制劑與ICB顯示出***的協(xié)同作用。鑒于**近的研究強調(diào)**微環(huán)境中的干細胞樣T細胞是ICB反應的關鍵介質(zhì)，作者假設CDK4/6i介導的T細胞記憶誘導產(chǎn)生了更有利的T細胞池用于免疫檢查點靶向***，因此將有助于該聯(lián)合***的療效。事實上，這種CDK4/6i應答特征富集在ICB應答患者的CD8+TIL中，在單細胞和患者水平準確分為應答者和非應答者（Fig.6A-D）。這表明CDK4/6i誘導了T細胞內(nèi)基因特征，該特征與患者對ICB的良好反應相關。 可以上傳原始的fast文件。凋亡 課題實...

UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結果。這些結果表明，UCP1參與了AKI中脂質(zhì)積累的調(diào)節(jié)。為了進一步驗證這一調(diào)控關系，提高證據(jù)的可靠性，我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達腺病毒的方法建立AKI過表達UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過表達UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質(zhì)積累(圖3E)。***，使用UCP1激動劑CL316243在AKI動物模型中誘導UCP1過表達，也觀察到了相同的結果(圖3F-H)。因此，所有證據(jù)表明，隨著UCP1表達的增加，AKI模型中的脂質(zhì)含量降低。提供整體課題外包實驗構思。NF-kB課題協(xié)同創(chuàng)作接下來，我們合成了野生型HuR蛋白(...

接下來，在低氧條件下，在HCCLM3和Hep3B細胞中敲低CFL1的表達（圖5A）。結果表明，CFL1敲除***逆轉了缺氧誘導的HCCLM3細胞增殖、細胞遷移和侵襲以及EMT（圖5A-D）。綜上所述，這些結果表明CFL1表達受HIF-1α的轉錄調(diào)控，介導缺氧誘導的HCC進展。 6、CFL1通過抑制泛素介導的PLD1降解來維持PLD1的表達為了進一步探索CFL1在HCC中致*作用的下游機制，利用KEGG數(shù)據(jù)庫篩選了受CFL1影響的通路。其中CFL1的高表達與細胞膜中細胞粘附分子和蛋白的定位密切相關（圖6A）。然后，基于蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫預測了CFL1和PLD1之間的潛在相互作用（圖6...

DNA生物標志物 DNA生物標記物是MarkerDB中比較大的一類標記物。MarkerDB中的DNA生物標記進一步分為26021個與209種疾病相關的DNA突變標記、353個與70種疾病相關的SNP標記和23個與16種傳染病相關的微生物/病毒基因。DNA突變數(shù)據(jù)（和臨床批準的突變試驗）來自GeneticTestingRegistry，序列數(shù)據(jù)從GenBank中提取，DNASNP生物標記物的主要來源是數(shù)據(jù)庫GWAS-ROCS，疾病信息從OMIM或GeneticsHomeReference中提取，關于微生物/病毒生物標記基因的剩余數(shù)據(jù)通過原始文獻或專利檢索獲得。目前，MarkerDB中的...

三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調(diào)控的轉錄本 對YTHDF1基因敲除MGC-803細胞和對照細胞進行RNA-seq。RNA圖譜顯示YTHDF1抑制導致轉錄異常(圖3A)。基因本體論(GO)分析表明，下調(diào)的基因在血管生成、細胞遷移、粘附和細胞生長等方面富集;而定位于負調(diào)控**進展的基因表達上調(diào)(圖3B)。RIP-seq獲得了9082個結合YTHDF1的候選基因。我們分析了功能富集變化*****的**000個基因，表明它們高度參與了**相關途徑(圖3C)。但累積分布分析表明，YTHDF1結合基因與YTHDF1未結合基因在轉錄水平上沒有***差異(圖3D...

二、INPP4B增強pik3a突變ER+乳腺*和乳腺上皮細胞增殖 GFP-INPP4B在MCF-7和T47D ER+乳腺*細胞中表達，這兩種細胞分別有PIK3CAE545K和PIK3CAH1047R高活化突變.*細胞進行非錨定細胞生長的能力是細胞轉化的一個標志。GFP-INPP4B***增加了軟瓊脂中MCF-7細胞集落大小(2.1倍)和T47D細胞集落大小(1.8倍)，但對集落數(shù)量沒有影響(圖2a-c)。與細胞增殖增加相一致。與載體對照相比，GFP-INPP4B在血清剝奪后增強了MCF-7細胞的增殖(1.7倍)(圖2d, e)，但不影響在含血清培養(yǎng)基中生長的MCF-7細胞的增殖。過表...

蛋白質(zhì)生物標志物 MarkerDB中142個蛋白質(zhì)生物標志物覆蓋了160多種疾病。MarkerDB中的所有蛋白質(zhì)生物標記物數(shù)據(jù)都是從OncoMX、CBD和UPBD原始文獻中提取的，結構數(shù)據(jù)從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB收集。目前，MarkerDB中的所有蛋白質(zhì)標記都有一個或多個疾病關聯(lián)，以及MarkerDB ID、序列、結構、詳細的蛋白質(zhì)描述、蛋白質(zhì)名稱/同義詞、蛋白質(zhì)理化數(shù)據(jù)、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍，生物流體、一個或多個文獻參考和其他在線數(shù)據(jù)庫的外部超鏈接。 IGF-1信號在Pex誘導的肝纖維化中起重要作用。非酒精性脂肪性肝炎 二、腸道微生物群落動態(tài)變化 確定每個個體部位...

為了使細胞在G1/S檢查點同步，我們對它們施加雙胸腺嘧啶脈沖。這種處理有效地抑制了PTEN-WT和PTEN-398A細胞在G1/S邊界(圖4B)。然后在正常生長培養(yǎng)基中釋放細胞，在S期進展期間用IR處理，6小時后收集細胞，用流式細胞術分析細胞周期分布(實驗方案見補充圖7A)。大部分PTEN-WT細胞被阻滯在s期，而PTEN-398A細胞未能阻滯細胞周期，而是發(fā)展到G2/M期(圖4C)。通過測定表達磷酸化組蛋白H3(Ser10)的細胞比例，證實了這一觀察結果。磷酸化組蛋白H3(Ser10)標志著細胞處于有絲分裂階段。(圖4d)。完善的實驗平臺提供可視化的建模服務。microRNA課題產(chǎn)學研合作越...

核磷蛋白(Nucleophosmin，NPM1)是急性髓系白血病(AML)中**常見的突變基因，會導致編碼的核仁蛋白(NPM1c+)發(fā)生異常胞漿易位。NPM1c +維持一個獨特的白血病基因表達程序，以***HOXA/B簇和MEIS1*基因為特征，促進白血病發(fā)生。然而，NPM1c+控制這種基因表達模式促進白血病發(fā)生的機制仍在很大程度上未知。本文揭示了HOXBLINC lncRNA***在NPM1c +白血病中扮演促*作用。HOXBLINC和其合作者MLL1是NPM1c+ AML的潛在***靶點。本文于2021年3月發(fā)表在《Nature Communications》IF:14.919。zVAD預...

通過circRNA芯片分析了三對NSCLC樣品中circRNA的表達譜，總共鑒定出109個circRNA失調(diào)，33個上調(diào)，76個下調(diào)。qRT-PCR驗證52個配對NSCLC樣品中**差異circRNA的表達。circNDUFB2是**顯著下調(diào)的circRNA。臨床分析發(fā)現(xiàn)circNDUFB2高表達與NSCLC患者的**大小、淋巴結轉移和分期呈負相關。結果表明，circNDUFB2在NSCLC中經(jīng)常被下調(diào)，并且與NSCLC的惡性特征呈負相關。circNDUFB2由NDUFB2基因的外顯子2–3產(chǎn)生，長度為249nt。circNDUFB2可由發(fā)散引物擴增，收斂引物不能擴增。核酸酶消化證實circN...

circRNA是一種新型的非編碼RNA，已被報道通過多種機制參與疾病的發(fā)生和發(fā)展。MAPK通路是一種常見的信號轉導通路，參與細胞增殖、炎癥和凋亡，在**中起著特別重要的作用。然而，與MAPK通路相關的circRNA在胃*中的作用尚未被探索。因此，小編為大家?guī)硪黄?021年4月發(fā)表于影響因子為15.302的雜志Molecular Cancer上的文章“A novel protein encoded by circMAPK1 inhibits progression of gastric cancer by suppressing activation of MAPK signaling”。在...

進一步研究發(fā)現(xiàn)，膜損傷后形成了兩個不同的囊泡池。較大的囊泡較早從質(zhì)膜形成， Rab5、EEA1（早期內(nèi)吞作用）、肌動蛋白、Rab35 呈陽性， LC3 偶爾呈陽性。相比之下，后來形成的囊泡較小且 LC3 呈陽性，**終出現(xiàn)在靠近 Rab5 陽性囊泡的位置。 二、內(nèi)化囊泡通過滲透作用在細胞質(zhì)中收縮，與溶酶體融合 GFP-Rab35、RFP-Rab5轉染MCF7，研究胞吞小體的“行動軌跡”。胞吞小體囊泡移動至細胞質(zhì)，在細胞質(zhì)中收縮成小囊泡，***與溶酶體融合。 三、巨胞飲由質(zhì)膜完整性觸發(fā) 實驗表明巨胞飲作用在損傷后被***，需要重組，從而保持質(zhì)膜的完整性。此外，LC3囊...

circACTN4增加遷移和侵襲并調(diào)節(jié)BC細胞的細胞周期進程 為了進一步評估circACTN4在BC進展中的作用，在circACTN4過表達或敲低后研究了BC細胞的遷移、侵襲和細胞周期。劃痕和transwell試驗表明，BC細胞的侵襲和遷移能力因circACTN4的上調(diào)而顯著增加，但被circACTN4的下調(diào)顯著抑制。WB結果發(fā)現(xiàn)過表達或敲低BC細胞中MMP9和MMP2蛋白水平明顯升高或降低，nm23-H1表達明顯降低或升高。式細胞術測定細胞周期分析，結果顯示與對照組相比，circACTN4的敲低導致S期BC細胞比例較低，G1期BC細胞比例較高，這表明circACTN4沉默導致G1期...

非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結果嚴重的炎癥性疾病。肝細胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學中已被證實。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細介紹了2021年4月發(fā)表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Cas...

作者進行了PAR-CLIP實驗，以評估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結果表明，在H1299細胞中，通過過表達METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結合(圖6D)。無論METTL3是否過表達，YTH結構域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進行RNA-pull down實驗，發(fā)現(xiàn)YTHDC2WT，優(yōu)先結合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結合m6A共識...

2.Tempol能中度改善DHEA誘導的PCOS大鼠的糖耐量 由于多囊卵巢綜合征與代謝紊亂密切相關，評估了不同組的胰島素敏感性和葡萄糖穩(wěn)態(tài)。DHEA+PBS組大鼠的空腹血糖水平雖然沒有明顯差異，但其空腹血清胰島素水平和HOMA-IR值均高于油+PBS組。Tempol***降低了空腹胰島素水平，而對PCOS大鼠的空腹血糖水平和HOMA-IR值無***影響(圖2A-C)。OGTTs顯示PCOS大鼠葡萄糖***延遲和曲線下面積增加，這表明DHEA處理降低了葡萄糖排泄能力。經(jīng)tempol***后，糖耐量受損情況得到改善(圖2D)。ITTs證明，三組大鼠對胰島素的反應相同(圖2E)。 Pex調(diào)...

我們發(fā)現(xiàn)，在circMAPK1穩(wěn)定下調(diào)的SGC7901和MGC803細胞中，與對照組相比，MAPK1-109aa與MEK1的結合明顯減少，而MAPK1與MEK1的結合增加(圖7f)。在MKN45和BGC823細胞中，IRES突變時MAPK1-109aa不翻譯。因此，MAPK1與MEK1的結合沒有明顯變化。然而，過表達circMAPK1后，MAPK1與MEK1的結合***減少，而MAPK1-109aa與MEK1的結合***增加(圖7g)。因此，以上結果表明MAPK1-109aa與MAPK1競爭結合MEK1。隨后的Western blot結果也證實，在過表達circMAPK1的細胞系中，MAPK1...

為了進一步探索Pex調(diào)控HSC行為的機制，我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜(圖3A)。在差異表達基因中，我們觀察到41個重疊的上調(diào)基因在Pan02 exo組與Npex組和KPC exo組與Npex組之間存在部分交集(圖3B)。主要涉及的基因參與細胞外空間、細胞外區(qū)域和ECM(圖3C)，表明Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。此外，GO和KEGG通路分析顯示，IGF-1及其下游PI3K/AKT是受Pex影響的排名比較高的信號通路(圖3D，E)。western blot分析支持了Pex***增加HSC中IGF- 1R、IRS-1和AKT磷酸化的發(fā)現(xiàn)(圖3F)。當使用IGF-1...

五、npm1突變的AML亞型可預測總生存率 評估了原始亞型和committed亞型是否與患者總生存期相關(圖5A;補充圖22)。與committed亞型相比，原始亞型與明顯更差的生存率相關(Log-rank檢驗p = 0.002)。為了確定我們的聚類是否超出了已建立的預測因素，我們還擬合了一個多變量Cox比例風險模型，調(diào)整了臨床病理參數(shù)，如性別、白細胞計數(shù)、年齡、核型和突變，包括FLT3- itd、FLT3- TKD、DNMT3A、NRAS和KRAS。多變量分析顯示，原始亞型和committed亞型具有***的互補預后價值(p-值= 0.01，圖5B)。 阻斷atm依賴的磷酸化會損害...

USP35敲除增加了脂質(zhì)活性氧的產(chǎn)生和丙二醛的產(chǎn)生(圖2D)。過量的活性氧導致多不飽和脂肪酸氧化損傷并分裂成各種產(chǎn)物，包括HETEs。我們觀察到，USP35沉默促進了H460和H1299細胞中5-HETE、11-HETE和15-HETE的釋放，而不影響12-HETE的釋放(圖2F)。GSH/GPX4為基礎的ROS***機制在防止鐵缺乏期間的脂質(zhì)過氧化中起著不可或缺的作用。研究表明在USP35缺乏的細胞中GSH水平降低并伴隨著對GPX4活性的抑制(圖2G，H)。此外，shUSP35***細胞中的鐵和Fe2+水平***高于對照組。相比之下，補充GSH或鐵螯合劑***減少了shUSP35***細胞的...