由于腸道微生物群在多囊卵巢綜合征的起始和發(fā)展中起著重要作用，作者還研究DHEA和tempol是否影響腸道的氧化還原狀態(tài)。腸道MDA、3-NT和AGEs水平在PCOS大鼠中***高于對(duì)照組和氧化生物標(biāo)記的增加被tempol處理消除(圖3K-M)。此外，tempol***增加PCOS大鼠的腸道SOD1和SOD2表達(dá)(圖3N)。因此，這些結(jié)果表明tempol能夠降低PCOS大鼠的腸道氧化應(yīng)激。 4.Tempol減輕PCOS大鼠腸道微生物失調(diào) 隨后，通過(guò)rarefaction和Shannon曲線(xiàn)(Fig.4A-B)，以及4個(gè)α-多樣性指數(shù)(ACE)、Shannon、Simpson和Ch...

二、染色質(zhì)的可及性明確了細(xì)胞的類(lèi)型 我們使用R包Signac來(lái)研究不同細(xì)胞類(lèi)型間染色質(zhì)可及性的差異。細(xì)胞類(lèi)型可以根據(jù)差異開(kāi)放區(qū)域（DARs）是開(kāi)放的還是封閉的來(lái)區(qū)分(Fig.2a）。約20%(平均比例=0.2030.04)的DAR與各自細(xì)胞類(lèi)型中的差異表達(dá)基因密切相關(guān)(補(bǔ)充表4)。例如，LRP2是一個(gè)表達(dá)在近端小管的譜系特異性基因，該區(qū)域的覆蓋圖顯示其啟動(dòng)子和基因體內(nèi)ATAC峰的數(shù)量和幅度增加(圖2a)。事實(shí)上，大部分DAR都位于距離**近的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)3kb內(nèi)的啟動(dòng)子區(qū)域(圖2b，補(bǔ)充圖7)。第二個(gè)**常見(jiàn)的位置是內(nèi)含子，DAR在不同細(xì)胞類(lèi)型中的分布相對(duì)保守(圖2c)。 課題CRO...

2021年，來(lái)自加拿大多倫多大學(xué)和加拿大溫哥華英屬哥倫比亞大學(xué)等團(tuán)隊(duì)合作在Naturecommunication雜志上發(fā)表了文章“BiologicalandtherapeuticimplicationsofauniquesubtypeofNPM1mutatedAML.”。此報(bào)道描述了npm1突變AML患者的分子異質(zhì)性?；趓na-seq的基因表達(dá)譜分析，確定了兩種新亞型，稱(chēng)為原始型和committed型?；诨虮磉_(dá)、表觀基因組(ATAC-seq)和免疫表型(CyToF)的差異，在**的AML隊(duì)列中將亞型與特定的分子特征、疾病分化狀態(tài)和患者生存聯(lián)系起來(lái)。此外，表明了在缺乏FLT3-ITD的原始...

8）SOCS6通過(guò)泛素化和降解p65抑制NF-κB信號(hào)通路 鑒于miR-155通過(guò)增強(qiáng)細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中p65的表達(dá)負(fù)調(diào)控SOCS6的表達(dá)，并***NF-κB信號(hào)通路，我們下一步研究SOCS6與p65之間潛在的相互作用。首先，我們?cè)赽End.3細(xì)胞中過(guò)表達(dá)或下調(diào)SOCS6。發(fā)現(xiàn)p65表達(dá)與SOCS6水平呈負(fù)相關(guān)(圖8A)。DiscoveryStudio?分析的3D對(duì)接也表明SOCS6可能與p65相互作用(圖8B)。此外，熒光共定位實(shí)驗(yàn)表明，SOCS6與p65在細(xì)胞質(zhì)***定位(圖8C和D)，Co-IP實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步揭示了SOCS6與p65的相互作用(圖8E)。值得注意的是蛋白酶體MG132...

其次，采用UPGMA、PCoA和NMDS評(píng)估不同群體的腸道菌群β-多樣性。UPGMA聚類(lèi)方法將對(duì)照組和PCOS大鼠樣本分為兩組，表明PCOS大鼠和對(duì)照組的腸道微生物分布不同。雖然DHEA + tempol組不能完全與DHEA + PBS組分離，但與DHEA + PBS組有所不同，說(shuō)明給藥tempol影響了PCOS大鼠的腸道微生物分布(圖4G)。PCoA和NMDS分析進(jìn)一步顯示，三組大鼠腸道總體微生物組成不同(圖4H-I)，而Permanova/ Anosim分析表明，三組間差異***(圖4J)。上述結(jié)果表明，DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。高通量測(cè)序后續(xù)的機(jī)制實(shí)驗(yàn)?；A(chǔ)...

5、血漿外泌體S100A4和OPN水平聯(lián)合可以作為HCC患者術(shù)后的強(qiáng)力預(yù)后因子 在168例接受肝切除術(shù)的HCC患者中，進(jìn)一步研究了血漿外泌體S100A4和OPN水平的臨床意義。結(jié)果發(fā)現(xiàn)外泌體S100A4水平和OPN的表達(dá)***正相關(guān)，并且外泌體S100A4低表達(dá)組患者的總體生存率和無(wú)疾病生存率要***高于外泌體S100A4高表達(dá)組（圖6b-d）。隨后，基于外泌體S100A4水平和OPN水平的聯(lián)合分析，將患者分為4組，結(jié)果發(fā)現(xiàn)雙低水平S100A4和OPN組具有比較好的預(yù)后，而雙高組則預(yù)后**差（圖6e-f）。 進(jìn)一步了解阻斷atm依賴(lài)的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對(duì)基因毒性損傷的反應(yīng)。肝...

有趣的是，研究報(bào)道S100A4可以增強(qiáng)STAT3的磷酸化，而STAT3的磷酸化與OPN的表達(dá)是相關(guān)的，并且STAT3被預(yù)測(cè)是OPN的潛在轉(zhuǎn)錄因子。因此，檢測(cè)了S100A4敲除和過(guò)表達(dá)后OPN表達(dá)，STAT3表達(dá)和STAT3磷酸化，結(jié)果顯示OPN表達(dá)和STAT3磷酸化水平與S100A4的變化趨勢(shì)一致；并且敲除STAT3后HCC細(xì)胞系中OPN表達(dá)和STAT3磷酸化被***抑制（圖5a-c）。這些結(jié)果表明S100A4可以***STAT3磷酸化并增加OPN表達(dá)。 為了進(jìn)一步探究S100A4過(guò)表達(dá)外泌體對(duì)STAT3磷酸化和OPN表達(dá)的影響，使用該外泌體預(yù)處理HCC細(xì)胞，結(jié)果顯示它可以***促進(jìn)...

為了確定METTL3誘導(dǎo)的APC表達(dá)下調(diào)在小鼠**生長(zhǎng)中的作用，將KYSE180細(xì)胞皮下注射到裸鼠體內(nèi)。發(fā)現(xiàn)通過(guò)APC去除，METTL3去除使**大小、體積和重量減小，并且**組織中的乳酸量恢復(fù)。此外，IHC染色顯示，METTL3缺失增加AP的表達(dá)，相應(yīng)地減少了**組織中β-連環(huán)蛋白、cyclind1、c-Myc和PKM2的表達(dá)。這些結(jié)果表明METTL3抑制APC的表達(dá)可以促進(jìn)**的發(fā)展。 APC表達(dá)下調(diào)與食管鱗*標(biāo)本METTL3上調(diào)及食管鱗*患者預(yù)后不良相關(guān) 為了確定METTL3抑制APC表達(dá)的臨床相關(guān)性，分析TCGA數(shù)據(jù)， APC mRNA表達(dá)與ESCC中METTL3 mR...

為理解TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的機(jī)制作用，從4T1-P、TYRO3-OE、4T1-R和TYRO3–/–細(xì)胞中提取RNA進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組分析。2種耐藥細(xì)胞系Tyro3-OE和4T1-R之間的轉(zhuǎn)錄組學(xué)變化高度相似，變化的重疊百分比較高，表明Tyro3在促進(jìn)**細(xì)胞對(duì)抗PD-1/PD-L1***耐藥中的作用。來(lái)自TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的黑色素瘤患者TYRO3基因的通路分析也顯示TYRO3表達(dá)與PD-1/PD-L1**免疫***通路呈正相關(guān)，與T細(xì)胞介導(dǎo)的抗**反應(yīng)相關(guān)通路（CTL介導(dǎo)的細(xì)胞凋亡和死亡受體信號(hào)），炎癥反應(yīng)相關(guān)通路（Th1活化、Th2活化、NF-κB信號(hào)）呈負(fù)相關(guān)。HMGB1是一種損...

3、tiRNA-Gly直接與RBM17相互作用，調(diào)控RBM17在PTC細(xì)胞中的表達(dá) 為了探究tiRNA-Gly在促*中分子機(jī)制，作者合成了生物素標(biāo)記的tiRNA-Gly及其反義序列，進(jìn)行RNApull-down實(shí)驗(yàn)，進(jìn)而挖掘K1細(xì)胞中與tiRNA-Gly相互作用的蛋白。結(jié)果發(fā)現(xiàn)了一個(gè)50KD左右大小的條帶，選擇經(jīng)質(zhì)譜測(cè)定肽數(shù)>3和獨(dú)特肽數(shù)>3的蛋白，獲得了5個(gè)可能的tiRNA-Gly相互作用蛋白，其中RBN17通過(guò)了WB驗(yàn)證（圖2B）。RIP實(shí)驗(yàn)也證實(shí)tiRNA-Gly在RBM17抗體組富集（圖3C）。進(jìn)一步RIP實(shí)驗(yàn)表明，tiRNA-Gly在RBM17全長(zhǎng)序列中***富集，但在UH...

遷移體（migrasome）是清華大學(xué)生命科學(xué)院俞立團(tuán)隊(duì)新發(fā)現(xiàn)的胞外分泌囊泡，該研究成果已于2015年發(fā)表在Cell Research期刊（IF=20.509）[1]。遷移體是在遷移細(xì)胞后部回縮纖維的前列或交叉處生長(zhǎng)的大囊泡，直徑約為0.5μm到3μm，并且包含許多較小的囊泡（**多300余個(gè)，**少不足10個(gè)），掃描電子顯微鏡觀察下呈石榴狀結(jié)構(gòu)。細(xì)胞遷移后，回縮纖維**終斷裂，遷移體分離。遷移體及其內(nèi)容物，包括細(xì)胞溶質(zhì)成分和來(lái)源不明的囊泡，被釋放到細(xì)胞外空間——這一過(guò)程稱(chēng)為遷移。俞立團(tuán)隊(duì)推測(cè)遷移體可能在細(xì)胞間通訊中發(fā)揮重要作用解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。細(xì)胞增殖課題協(xié)同創(chuàng)作...

研究了磷脂酰肌醇3,4,5磷酸(PIP3)在DNA損傷后的細(xì)胞定位。將MCF10A細(xì)胞按上述方法同步輻照，免疫熒光法分析PTEN的亞細(xì)胞分布。PTEN-WT和PTEN-398A蛋白在細(xì)胞核和質(zhì)膜穩(wěn)定定位(圖6A, B)。經(jīng)過(guò)IR處理后，PTEN-WT在質(zhì)膜上積累(圖6A, B)。相比之下，在這些條件下，沒(méi)有檢測(cè)到PTEN-398A蛋白的重新定位(圖6A, B)。B).我們通過(guò)細(xì)胞分離和膜相關(guān)PTEN的免疫印跡分析進(jìn)一步證實(shí)了這些結(jié)果(圖6C, D)。這些結(jié)果表明，ATM對(duì)PTEN的磷酸化導(dǎo)致PTEN在質(zhì)膜上重新分布，這與AKT通路***減少有關(guān)提供分子生物以及到后續(xù)動(dòng)物建模的一整套服務(wù)。壞死課...