2、白樺素下調(diào)SREBP靶基因，降低細(xì)胞脂質(zhì)水平 由于SREBP-2是其自身的直接靶標(biāo)，因此白樺素將其表達(dá)下調(diào)40％（圖3A）。與SREBP-2是膽固醇生物合成的主要轉(zhuǎn)錄因子這一觀點(diǎn)一致，膽固醇合成途徑中的10個(gè)被測(cè)基因，例如HMGCR，HMG-CoA合酶（HMGCS）和角鯊烯環(huán)氧酶（SE），都被白樺素處理抑制了（圖3A）。類似地，與脂肪酸和甘油三酸酯合成有關(guān)的所有9個(gè)基因，例如SREBP-1c，脂肪酸合酶（FAS）和乙酰輔酶A羧化酶α（ACC），都被白樺素顯著下調(diào)（圖3B）。與早期觀察結(jié)果一致（圖1A），包括ABCG5和ABCG8在內(nèi)的LXR靶基因不受白樺素的影響（圖3C）。 Pe...

USP35敲除增加了脂質(zhì)活性氧的產(chǎn)生和丙二醛的產(chǎn)生(圖2D)。過量的活性氧導(dǎo)致多不飽和脂肪酸氧化損傷并分裂成各種產(chǎn)物，包括HETEs。我們觀察到，USP35沉默促進(jìn)了H460和H1299細(xì)胞中5-HETE、11-HETE和15-HETE的釋放，而不影響12-HETE的釋放(圖2F)。GSH/GPX4為基礎(chǔ)的ROS***機(jī)制在防止鐵缺乏期間的脂質(zhì)過氧化中起著不可或缺的作用。研究表明在USP35缺乏的細(xì)胞中GSH水平降低并伴隨著對(duì)GPX4活性的抑制(圖2G，H)。此外，shUSP35***細(xì)胞中的鐵和Fe2+水平***高于對(duì)照組。相比之下，補(bǔ)充GSH或鐵螯合劑***減少了shUSP35***細(xì)胞的...

2、miR-208b由結(jié)腸*細(xì)胞以外泌體的方式分泌 隨后，作者探究了miR-208b的存在方式是否由外泌體介導(dǎo)。分離鑒定了3株CRC細(xì)胞系的外泌體，并檢測(cè)了其中miR-208b的表達(dá)。外泌體中miR-208b的表達(dá)模式和在細(xì)胞中的模式一致，在SW480-OXA***高于SW480***高于NCM460。這些結(jié)果表明CRC中miR-208b的是以外泌體的模式分泌，這可能和順鉑化療敏感性有關(guān)。 3、SW480細(xì)胞分泌的外泌體miR-208b促進(jìn)Treg擴(kuò)增 前人研究表明順鉑會(huì)影響**免疫微環(huán)境。MiRNA可能通過促進(jìn)Treg擴(kuò)增誘導(dǎo)免疫侵襲。因此，作者探究了CRC分泌外泌體m...

接下來，我們使用3D分析儀分析NOX4上調(diào)后人星形膠質(zhì)細(xì)胞細(xì)胞毒性的形態(tài)學(xué)變化(圖7E)。相對(duì)于對(duì)照，NOX4的升高誘導(dǎo)了細(xì)胞毒性的形態(tài)學(xué)特征，包括細(xì)胞質(zhì)面積縮小和起泡(圖7E)。此外，與對(duì)照組相比，NOX4升高后，形態(tài)死亡細(xì)胞數(shù)量***增加(圖7F)。與形態(tài)學(xué)分析結(jié)果一致，相對(duì)于對(duì)照，NOX4的升高***增加了細(xì)胞毒性水平(圖7G)。這些結(jié)果表明，NOX4通過氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的人星形膠質(zhì)細(xì)胞脂質(zhì)過氧化促進(jìn)了鐵死亡。結(jié)論：NOX4通過線粒體代謝損傷，氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化作用促進(jìn)星形膠質(zhì)細(xì)胞的鐵死亡，這是AD期間星形膠質(zhì)細(xì)胞損傷的一種重要分子機(jī)制。外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測(cè)PDAC...

為了驗(yàn)證tRFs&tiRNA-Seq數(shù)據(jù)，作者檢測(cè)了91對(duì)PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達(dá)，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達(dá)水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達(dá)***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達(dá)在*和*旁中無***差異（圖1H）?？傊瑃iRNA-Gly可能在PTC的進(jìn)展中起致*作用。2、在小鼠模型中，tiRNA-Gly調(diào)節(jié)PTC細(xì)胞的增殖和遷移，并影響**生長(zhǎng) 首先檢測(cè)了tiRNA-Gly在3株P(guān)TC細(xì)胞系中的表達(dá)，如圖2A所示，K1細(xì)胞系中tiRNA-Gly的表達(dá)***低于BCP...

四、RIT1抑制MCC-MAD2結(jié)合，促進(jìn)APC/C底物降解 在MAD1與未連接的動(dòng)點(diǎn)結(jié)合后，MAD2從開放的構(gòu)象狀態(tài)(O-MAD2)轉(zhuǎn)化為封閉的構(gòu)象狀態(tài)(C-MAD2)， SAC信號(hào)被緊密調(diào)控和放大。MAD2的構(gòu)象變化啟動(dòng)了它與CDC20的結(jié)合。為了直接測(cè)試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關(guān)聯(lián)，進(jìn)行了競(jìng)爭(zhēng)性pull-down實(shí)驗(yàn)來測(cè)試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/ MAD1結(jié)合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結(jié)合肽1 (MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽，它取消了MAD2- rit1的結(jié)合。評(píng)估了RIT1...

ROS及其細(xì)胞副產(chǎn)物是酪氨酸磷酸酶的有效抑制劑，、用抗霉素A培養(yǎng)T細(xì)胞可導(dǎo)致酪氨酸磷酸化的持續(xù)和升高(圖6a)，這被魚藤酮或NAC阻斷(圖6a,b)。免疫印跡分析顯示，在aa誘導(dǎo)的ROS下，酪氨酸磷酸化的***數(shù)量增加，但幾種不同的蛋白在NAC處理下有差異的磷酸化(圖6b)。TCR-reporter Nur77-GFP小鼠研究表明在TCR信號(hào)缺失的情況下，抗霉素A誘導(dǎo)GFP表達(dá);在低于連續(xù)刺激條件下誘導(dǎo)的信號(hào)時(shí)，抗霉素A處理產(chǎn)生的GFP與酪氨酸磷酸酶抑制劑orthovandate (50 μm)培養(yǎng)的T細(xì)胞表型相匹配(圖6c)。磷酸酪氨酸級(jí)聯(lián)促進(jìn)NFAT1的核積累，單獨(dú)的ROS誘導(dǎo)(通過抗霉素...

由于circMAPK1在GC細(xì)胞系中穩(wěn)定表達(dá)，我們推測(cè)circMAPK1可能是一種適合GC診斷或預(yù)后的標(biāo)志物。qRT-PCR顯示circMAPK1在*組織中的表達(dá)低于匹配的非*組織(圖1m)。Kaplan-Meier生存分析顯示胃*組織中circMAPK1水平較高的患者總生存期***延長(zhǎng)(圖1n)。綜上所述，circMAPK1是一種穩(wěn)定表達(dá)的circRNA，可作為有效的診斷和預(yù)后標(biāo)志物，值得進(jìn)一步研究。 2）CircMAPK1在體外抑制GC細(xì)胞的增殖和遷移 為了研究circMAPK1在GC中的生物學(xué)功能，我們進(jìn)行了一系列細(xì)胞實(shí)驗(yàn)。隨CCK8實(shí)驗(yàn)(圖2a)、集落形成實(shí)驗(yàn)(圖2b)...

4）Pex來源的CD44v6對(duì)于HSCs的***是必要的，但不是充分的 我們之前的研究揭示了CD44v6參與調(diào)控PDAC細(xì)胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗(yàn)證了CD44v6在外泌體中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達(dá)水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細(xì)胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測(cè)加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達(dá)水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細(xì)胞相比，CD44v6的表達(dá)水平保持不變(圖5B)。我們還進(jìn)行了免疫熒光分析，檢測(cè)出HSC膜中CD...

APC是促進(jìn)β-連環(huán)蛋白降解調(diào)節(jié)因子。m6A峰位于APC末端密碼子區(qū)域附近的***一個(gè)外顯子，METTL3缺失降低了APCmRNA的m6A水平。分析顯示，有三個(gè)腺苷堿基甲基化，并且在METTL3缺失導(dǎo)致的APCmRNAm6A峰值下降范圍內(nèi)。這些結(jié)果表明METTL3調(diào)節(jié)apcmrna的m6A水平，這種水平在許多類型的*細(xì)胞中都很高。 m6A-RIP和實(shí)時(shí)定量PCR分析表明，在KYSE180細(xì)胞中，METTL3缺失后，APCmRNA中的m6A水平***降低。相反，METTL3過表達(dá)增加了KYSE180細(xì)胞中APCmRNA的m6A水平，并且這種增加被METTL14缺失所消除。此外，帶有抗M...

TransCirc數(shù)據(jù)庫整合了各種與翻譯相關(guān)的證據(jù)，檢索的結(jié)果能直觀的呈現(xiàn)翻譯產(chǎn)物的相關(guān)證據(jù)信息。數(shù)據(jù)共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質(zhì)譜證據(jù)（MS）的circRNA有168個(gè)，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據(jù)4284個(gè)circRNA，潛在翻譯產(chǎn)物序列分析（SeqComp）的301100個(gè)circRNA。有IRES預(yù)測(cè)結(jié)果的314138個(gè)circRNA，有m6A修飾位點(diǎn)信息的39397個(gè)circRNA，有翻譯起始位點(diǎn)信息（TIS）的9394個(gè)circRNA，有ORF信息的305016個(gè)circRNA。 提供***科研設(shè)計(jì)咨詢及輔助實(shí)驗(yàn)。褪黑素...

NRF2是阻斷鐵死亡的關(guān)鍵介質(zhì)，TYRO3過表達(dá)的293T細(xì)胞中NRF2轉(zhuǎn)錄活性增加。TAM激酶下游的PI3K/AKT信號(hào)通路可增加NRF2轉(zhuǎn)錄活性，TYRO3-OE介導(dǎo)的NRF2轉(zhuǎn)錄***被AKT抑制劑MK2206消除。這些結(jié)果表明TYRO3通過AKT/NRF2軸抑制鐵死亡。吞噬細(xì)胞對(duì)瀕死細(xì)胞的***依賴于對(duì)凋亡細(xì)胞暴露的“吃我信號(hào)”的識(shí)別。磷脂酰絲氨酸(PS)是一種關(guān)鍵的“吃我”分子，可與橋接分子結(jié)合，如TAM激酶配體蛋白S(Pros1)和Gas6。Pros1在與PS結(jié)合時(shí)同時(shí)***TYRO3。Pros1處理4T1和PY8119**細(xì)胞可抑制erastin誘導(dǎo)的脂質(zhì)過氧化作用，表明凋亡細(xì)胞...

Nup62、Nup214、Nup43在運(yùn)動(dòng)神經(jīng)元中過表達(dá)***降低了運(yùn)動(dòng)功能和攀爬速度(圖5A和B)。與各自的Nup對(duì)照或?qū)φ战M動(dòng)物相比，過表達(dá)Nup62和Nup214或Nup62和Nup43的動(dòng)物的壽命明顯縮短——Nup62/ Nup214 OE和Nup62/Nup43 OE的中位存活時(shí)間分別為23天和21天(圖5C)。用RNAi成蟲(Nup62或Nup214)多次暴露于創(chuàng)傷后，檢測(cè)其運(yùn)動(dòng)功能和壽命。Nup62 mRNA (p <0.01)和Nup214 mRNA (p <0.001)與對(duì)照組相比，Nup62和Nup214 RNAi處理組的攀爬水平***降低(圖5D和E)。有...

對(duì)snATAC-seq數(shù)據(jù)集使用97%置信閾值對(duì)細(xì)胞類型分配進(jìn)行過濾，以去除異型雙重體。通過標(biāo)簽轉(zhuǎn)移獲得的snATAC-seq細(xì)胞類型預(yù)測(cè)(圖1d)與無監(jiān)督簇的編輯注釋(圖1e, f)的比較表明，所有主要的細(xì)胞類型都存在于這兩個(gè)數(shù)據(jù)集中，并且在檢測(cè)和分配細(xì)胞身份方面，snATAC-seq與snRNA-seq具有可比性(補(bǔ)充圖3)。使用基于基因活性的細(xì)胞類型分配進(jìn)行下游分析，這是通過對(duì)snatc -seq數(shù)據(jù)集的無監(jiān)督聚類獲得的。有趣的是，snATAC-seq能夠檢測(cè)到近端小管簇內(nèi)的兩個(gè)亞群，這可能**近端曲小管(圖1e, PCT)和近端直小管(圖1e, PST)。PCT顯示編碼SGLT2的SL...

六、改進(jìn)分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs 研究者基于細(xì)胞表面標(biāo)記設(shè)計(jì)了一種針對(duì)HSCs/MPP的新的熒光***細(xì)胞分選策略（簡(jiǎn)稱CD-REF），使用CD-REF分選板對(duì)股骨BM細(xì)胞進(jìn)行分選，結(jié)果顯示標(biāo)記為HSCs/MPP和HSCs/MPPs-Cycle簇的CD-REF細(xì)胞約占88％。為了評(píng)估CD-REF細(xì)胞譜系輸出的分化潛力和穩(wěn)健性，研究人員在小鼠MS5飼養(yǎng)層或更具生理相關(guān)性的人類胎兒間充質(zhì)干細(xì)胞（fMSCs）上對(duì)三個(gè)胎兒的單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了分選，結(jié)果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來，又對(duì)單個(gè)CD-REF和免疫表型HSCs進(jìn)行了分類，...

MT2受體可能參與褪黑素對(duì)TBI引起的鐵死亡的保護(hù)作用 為了闡明褪黑素的保護(hù)TBI作用是否依賴于褪黑素受體，首先確定了TBI后褪黑素受體（MT1和MT2）的表達(dá)模式。從12小時(shí)到14天觀察到皮質(zhì)MT1和MT2表達(dá)顯著降低。此外，褪黑素可在24小時(shí)顯著改善褪黑素***的TBI小鼠大腦中MT1和MT2的損失。為了確定褪黑素的受體是否參與褪黑素對(duì)TBI引起的鐵死亡的保護(hù)作用，當(dāng)用Luzindole（褪黑素受體拮抗劑）或4P-PDOT（一種選擇性MT2受體拮抗劑）預(yù)處理小鼠時(shí)，我們發(fā)現(xiàn)用Luzindole和4P-PDOT進(jìn)行的預(yù)處理均消除了TBI后24小時(shí)褪黑素對(duì)MT1和Cox2表達(dá)的影響。...

鑒于以上結(jié)果，作者想進(jìn)一步探究tiRNA-Gly與RBM17作用的分子結(jié)果。結(jié)果顯示，tiRNA-Gly可提高總RBM17蛋白的水平，但是不影響RBM17的mRNA水平（圖3H-I）。隨后，用蛋白質(zhì)合成抑制劑環(huán)己胺(CHX)處理細(xì)胞，tiRNA-Gly轉(zhuǎn)染后增加了K1細(xì)胞內(nèi)源性RBM17蛋白的半衰期，而β-actin作為對(duì)照（圖3J）。此外，蛋白酶體抑制劑MG132處理后，內(nèi)源性RBM17在轉(zhuǎn)染tiRNA-Gly的K1細(xì)胞中的積累量**高于轉(zhuǎn)染siRNA-NC的K1細(xì)胞，表明tiRNA-Gly抑制了蛋白酶體依賴性的PTC細(xì)胞中RBM17的降解（圖3K）。此外，tiRNA-Gly的過表達(dá)***抑...

瀏覽工具將PROTAC-DB中的數(shù)據(jù)歸納為兩類：“目標(biāo)瀏覽”和“化合物瀏覽”。目標(biāo)瀏覽將在“PROTAC”、“彈頭”、“E3配體”和“Linker”類別選項(xiàng)卡下顯示目標(biāo)蛋白質(zhì)的名稱列表，點(diǎn)擊列表中選定的蛋白質(zhì)將跳轉(zhuǎn)到與該蛋白質(zhì)相對(duì)應(yīng)的所有化合物的列表?；衔餅g覽主要用于可視化“PROTAC”、“彈頭”、“E3配體”和“Linker”類標(biāo)簽下所有化合物的二維結(jié)構(gòu)。此外，在“PROTAC”、“彈頭”和“E3配體”類標(biāo)簽下還將展示生物活性。 可視化和過濾數(shù)據(jù)表中的結(jié)果查詢或?yàn)g覽結(jié)果顯示為數(shù)據(jù)表，包含2D結(jié)構(gòu)和其他信息，如化合物ID、目標(biāo)蛋白質(zhì)和生物活性(圖2)。 進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的...

四、在體內(nèi)和體外，NUPs的上調(diào)導(dǎo)致TDP-43/TBPH定位錯(cuò)誤和聚集 為了檢測(cè)Nup上調(diào)對(duì)Tbph (Drosophila TDP-43)病理的影響，我們建立了一個(gè)位點(diǎn)特異性Nup62過表達(dá)(Nup62 OE)蠅線，并對(duì)內(nèi)源性Tbph進(jìn)行染色。在eGFP對(duì)照(以下稱為對(duì)照)表達(dá)的果蠅幼蟲VNC中，Tbph的分布以細(xì)胞核為主，而Nup62 OE幼蟲VNC***改變了Tbph的定位，出現(xiàn)細(xì)胞質(zhì)聚集(圖4A)。定量分析顯示，與對(duì)照組相比，Nup62 OE果蠅幼蟲或成年大腦中斑點(diǎn)Tbph***增加(圖4B）。與對(duì)照組相比，Nup62 OE vnc的核Tbph強(qiáng)度***降低(圖4C)。此外...

4）M1-BMDMs來源的外泌體在體內(nèi)阻礙脊髓損傷后的運(yùn)動(dòng)功能恢復(fù)和破壞BSCB 為了進(jìn)一步研究巨噬細(xì)胞在SCI微環(huán)境中的作用及其對(duì)血管內(nèi)皮細(xì)胞的潛在影響，我們提取并鑒定了來自M1-BMDMs(M1-Exos)的外泌體。脊髓損傷后立即注射外泌體，在指定時(shí)間進(jìn)行一系列行為評(píng)估(圖4A)。BMS行為分析表明，M1-Exos注射可導(dǎo)致脊髓損傷后后肢運(yùn)動(dòng)功能評(píng)分降低(圖4B)。足跡分析、電生理測(cè)試和游泳測(cè)試顯示了類似的結(jié)果，M1-Exos處理導(dǎo)致更短的步幅(圖4C)，更低的MEPs振幅(圖4D)，更傾斜的身體角度，更下垂的尾巴(圖4E)。EB外滲實(shí)驗(yàn)顯示，M1-Exos處理組有更多EB染料滲...

數(shù)據(jù)庫概況 目前，MarkerDB數(shù)據(jù)庫包含142個(gè)蛋白質(zhì)生物標(biāo)記，1089個(gè)化學(xué)生物標(biāo)記，154個(gè)核型生物標(biāo)記和26374個(gè)遺傳標(biāo)記。這些分類為25560個(gè)診斷生物標(biāo)志物，102個(gè)預(yù)后生物標(biāo)志物，265個(gè)暴露生物標(biāo)志物和6746個(gè)預(yù)測(cè)生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物組。這些標(biāo)記可共同用于檢測(cè)，監(jiān)視或預(yù)測(cè)670種特定人類疾病，這些疾病分為27大疾病類別。 MarkerDB中五個(gè)主要分子標(biāo)記類別 化學(xué)生物標(biāo)志物 MarkerDB中的化學(xué)生物標(biāo)記物包括各種先天性代謝或遺傳疾病、**、代謝紊亂、傳染病、藥物暴露、化學(xué)/污染物暴露和飲食攝入的標(biāo)記物。MarkerDB中的1089個(gè)化學(xué)...

CircACTN4促進(jìn)體內(nèi)異種移植**的發(fā)生和轉(zhuǎn)移 為了評(píng)估circACTN4在體內(nèi)的致*作用，通過皮下注射和尾靜脈注射在裸鼠中建立人BC細(xì)胞**模型。用過表達(dá) circACTN4 慢病毒或 circACTN4 shRNA 慢病毒及其對(duì)照***的 MCF-7 細(xì)胞接種雌性裸鼠。結(jié)果表明，circACTN4過表達(dá)組異種移植**的體積和重量明顯大于對(duì)照組，而circACTN4敲低顯著抑制了**生長(zhǎng)。與對(duì)照組相比，circACTN4的上調(diào)明顯增加了轉(zhuǎn)移性肺結(jié)節(jié)的數(shù)量，而circACTN4沉默顯著抑制了自發(fā)性肺轉(zhuǎn)移，侵襲性**細(xì)胞較少。此外，circACTN4 的過表達(dá)可以顯著促進(jìn)**血管生...

褪黑素可減少TBI誘發(fā)的小鼠腦行為缺陷和病變體積 為了利用褪黑素對(duì)TBI誘導(dǎo)的神經(jīng)系統(tǒng)結(jié)果和病變體積的影響，進(jìn)行了行為分析以及HE染色。關(guān)于線握測(cè)試，與假手術(shù)組相比，TBI在第1-8天導(dǎo)致運(yùn)動(dòng)表現(xiàn)顯著下降，但與TBI組相比，褪黑素和Lip-1的***改善了第2-6天的運(yùn)動(dòng)表現(xiàn)。在MWM測(cè)試中觀察到，與假手術(shù)組相比，TBI在第10-15天導(dǎo)致潛伏期延長(zhǎng)，但是褪黑素和Lip-1***的TBI小鼠均表現(xiàn)出比TBI小鼠明顯更短的逃避潛伏期。曠場(chǎng)試驗(yàn)中，與假手術(shù)組相比，TBI組的動(dòng)物的總距離、中心移動(dòng)距離和花費(fèi)時(shí)間明顯縮短。褪黑素***可顯著逆轉(zhuǎn)上述參。HE染色顯示，褪黑素和Lip-1***的...

導(dǎo)語：免疫檢查點(diǎn)阻斷療法已證明對(duì)多種**類型具有良好的臨床效果。程序性細(xì)胞死亡蛋白1（PD-1）是免疫檢查點(diǎn)，然而，由于耐藥性以及用于患者分層的生物標(biāo)志物不足，*少數(shù)患者從單藥***中獲益，在很大程度上限制了臨床效應(yīng)。這里，小編帶大家領(lǐng)略下小分子化合物的在耐***面的獨(dú)特魅力。參考文獻(xiàn)：TYRO3inducesanti–PD-1/PD-L1therapyresistancebylimitinginnateimmunityandtumoralferroptosis（IF=11.864） 1.TYRO3高表達(dá)與抗PD-1/PD-L1***患者的預(yù)后不良相關(guān)建立**小鼠體內(nèi)耐藥模型，將4T...

三、放線菌和鏈球菌的不同譜系臨時(shí)區(qū)分口腔微生物群 tree-based sparse LDA在口腔中識(shí)別出了10個(gè)分支，共71個(gè)asv，沿***軸的時(shí)間點(diǎn)分離樣本比較好(圖3B)。asv的兩個(gè)比較大的區(qū)分組隸屬于放線菌科和鏈球菌科(圖3B)。放線菌ASV 18(放線菌ASV 18)和鏈球菌ASV 28 (Streptococcus ASV 28)的ASV數(shù)量**多，且其16S rRNA部分基因序列分別與粘放線菌(放線菌)和鏈球菌(Streptococcus mitis)類群具有較高的序列相似性。另一種鑒別asv分別隸屬于普雷沃菌科(Prevotellaceae)和桿菌科(Bacill...

7）miR-155負(fù)調(diào)控SOCS6表達(dá)，***NF-κB通路 為了進(jìn)一步探討外泌體miR-155誘導(dǎo)EndoMT和線粒體功能障礙的潛在機(jī)制，我們重點(diǎn)研究了miR-155的下游基因。首先，利用在線miRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫預(yù)測(cè)了84個(gè)潛在靶基因。SOCS6是具有3’UTR的下游mRNA之一，可能與miR-155結(jié)合(圖7A)。結(jié)合GSE49329和GSE49330數(shù)據(jù)庫，我們發(fā)現(xiàn)miR-155的表達(dá)與SOCS6的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)(圖7B)。為了進(jìn)一步證實(shí)SOCS63’UTR是miR-155的直接靶標(biāo)，我們根據(jù)預(yù)測(cè)的結(jié)合位點(diǎn)(圖7C)構(gòu)建了SOCS63’UTR野生型(WT)和突變型(MUT)序列。...

藥物基因組學(xué)（老年保護(hù)化合物）模塊 該老年保護(hù)化合物模塊專注于老年保護(hù)劑，允許用戶查詢與衰老相關(guān)的化合物，根據(jù)衰老表型、靶點(diǎn)、途徑和與年齡相關(guān)的疾病，提供應(yīng)用于模型生物的相關(guān)化合物的匯總數(shù)據(jù)。該模塊目前包含來自藥物治療分析（體內(nèi)和體外）的數(shù)百種化合物和組學(xué)數(shù)據(jù)集的列表，揭示由特定壽命/延長(zhǎng)健康壽命的藥物引起的基因表達(dá)變化。在該模塊的首頁，用戶可以瀏覽“熱門小分子”功能，每周更新列出搜索**多的化合物；“臨床試驗(yàn)”提供了老年保護(hù)劑的臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)；“專題文章”展示了衰老領(lǐng)域的***研究。重要的是，用戶可以通過藥物名稱、目標(biāo)基因或來源論文的 DOI 輕松搜索，以獲取有關(guān)老年保護(hù)化合物的詳細(xì)...

五、YTHDF1以m6a依賴的方式調(diào)控FZD7的表達(dá) 在GC-803和胃*細(xì)胞株基礎(chǔ)上，進(jìn)行m6A-qPCR和YTHDF1 RIP qPCR的基因特異性分析。確實(shí)，在FZD7 mRNA中觀察到兩個(gè)m6A峰，并且在MGC-803和HGC-27細(xì)胞中證實(shí)了與YTHDF1的關(guān)聯(lián)(圖5A和B)。標(biāo)記YTHDF1突變體(YTHDF1- mut)具有兩個(gè)關(guān)鍵氨基酸突變(K395A, Y397A)以消除其m6binding口袋(44)，將其轉(zhuǎn)染到MGC-803和HGC- 27細(xì)胞中(圖5C)。在YTHDF1野生型(YTHDF1- wt)轉(zhuǎn)染的胃*細(xì)胞中觀察到的FZD7表達(dá)上調(diào)在YTHDF1- mu...

3、CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞M2極化 為了探索miR-934促進(jìn)CRLM的分子和細(xì)胞基礎(chǔ)，通過Cytoscape軟件注釋了TCGAcohort中191個(gè)miR-934相關(guān)基因的細(xì)胞功能，發(fā)現(xiàn)miR-934***參與多種炎癥反應(yīng)，提示miR-934可能參與了CRC免疫微環(huán)境（Fig.3a）。然后發(fā)現(xiàn)miR-934與巨噬細(xì)胞的基因信號(hào)特異性相關(guān)（Fig.3b）。為了研究在CRLM中TAM的浸潤(rùn)與miR-934之間的相關(guān)性，我們?cè)谠l(fā)性結(jié)直腸*組織和CRLM組織樣本中采用免疫組化染色檢測(cè)TAM標(biāo)記CD163。如圖3c所示，在CRLM組織中CD163+TAM浸潤(rùn)豐富的...

隨后，作者研究了YTHDC2是否通過SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當(dāng)YTHDC2在H1299細(xì)胞中過表達(dá)時(shí)，并過表達(dá)SLC7A11完全恢復(fù)了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉(zhuǎn)錄的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，ATF4在H1299細(xì)胞中上調(diào)SLC7A11(圖4H、I)。過表達(dá)YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此，YTHDC2損害依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取。結(jié)合臨床分析，YTHDC2表達(dá)下調(diào)，而SLC7A11表達(dá)上調(diào)(圖4K、L)，并且它們?cè)?*中呈負(fù)相關(guān)(圖4M)。 5.YTHDC2以m6A依賴的方式使SLC7A11mRNA不穩(wěn)定 作者為研究YTH...