五、gata1調(diào)控靶基因的染色質(zhì)可及性及表達(dá)動(dòng)態(tài) 檢測(cè)了pySCENIC鑒定的**頂層gata1調(diào)控靶基因的scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)(根據(jù)AUCell評(píng)分排序)(圖5)。 我們觀察了兩個(gè)基因啟動(dòng)子(距轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)3kb[TSS])和遠(yuǎn)端調(diào)控區(qū)域(距TSS50kb)的可及性，以及沿MEMP分化軌跡所選靶基因的表達(dá)水平(圖5A)。我們觀察到，在造血干細(xì)胞/mpp中，gata1調(diào)控靶基因的啟動(dòng)子在任何明顯的基因表達(dá)之前通常是開(kāi)放的(圖5A)。因此，與我們之前的觀察一致，造血干細(xì)胞/mpp的染色質(zhì)可及性發(fā)生在*存在于分化程度更高的細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄變化之前。有趣的是，與第...

自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進(jìn)行運(yùn)輸、溶解。研究表明，自噬異常會(huì)影響疾病進(jìn)程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會(huì)增強(qiáng)*細(xì)胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會(huì)造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過(guò)影響LIR基序來(lái)改變自噬選擇性，進(jìn)而影響疾病進(jìn)程。 1.構(gòu)建LIR預(yù)測(cè)模型pLAM 收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應(yīng)蛋白,確定了LIR的序列信息。 驗(yàn)證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預(yù)測(cè)，并對(duì)預(yù)測(cè)到的LIR基序?qū)?yīng)的基因進(jìn)行GO、Pathway富集分...

為了驗(yàn)證tRFs&tiRNA-Seq數(shù)據(jù)，作者檢測(cè)了91對(duì)PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達(dá)，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達(dá)水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達(dá)***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達(dá)在*和*旁中無(wú)***差異（圖1H）?？傊?，tiRNA-Gly可能在PTC的進(jìn)展中起致*作用。 在小鼠模型中，tiRNA-Gly調(diào)節(jié)PTC細(xì)胞的增殖和遷移，并影響**生長(zhǎng) 首先檢測(cè)了tiRNA-Gly在3株P(guān)TC細(xì)胞系中的表達(dá)，如圖2A所示，K1細(xì)胞系中tiRNA-Gly的表達(dá)***低于B...

外周血單個(gè)核細(xì)胞(PBMCs)梯度離心純化是研究人體免疫健康和疾病的臨床相關(guān)細(xì)胞的主要來(lái)源。像大多數(shù)其他人體組織一樣，PBMC是一種復(fù)雜的、異構(gòu)的細(xì)胞類型混合物，來(lái)源于共同的干細(xì)胞祖細(xì)胞。盡管不同的PBMC細(xì)胞類型之間的基因組大部分是不變的，但每種免疫細(xì)胞類型執(zhí)行重要的和不同的功能。理解控制細(xì)胞系規(guī)范、細(xì)胞成熟、***狀態(tài)和響應(yīng)細(xì)胞內(nèi)外信號(hào)的功能多樣性的基因組調(diào)控景觀，是理解健康和疾病中的免疫系統(tǒng)的關(guān)鍵。 **近單細(xì)胞基因組方法的改進(jìn)使復(fù)雜細(xì)胞類型混合物的調(diào)控染色質(zhì)景觀的輪廓成為可能。特別是，基于液滴的單核或單細(xì)胞轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)分析(snATAC-seq, scATAC-seq, ...

在所有**中具有比較高***性頻率的基因是蛋白質(zhì)編碼基因BCL9L。BCL9L在10種**類型的**組織中***上調(diào)。其表達(dá)水平與m6A信號(hào)呈正相關(guān)（r=0.35）和m6A亞型在總?cè)丝谥小Ｔ诜?薈萃分析（HR）中，BCL9L的高表達(dá)與總體生存率降低***相關(guān)。這一發(fā)現(xiàn)在6個(gè)外部驗(yàn)證數(shù)據(jù)集中得到證實(shí)，包括肺*，胃*，乳腺*，肝*和卵巢*，乳腺*。BCL9L是Wnt信號(hào)通路的重要成員，與Wnt信號(hào)通路的ssGSEA富集分?jǐn)?shù)***相關(guān)。在參與Wnt信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的5個(gè)m6A互作基因（MYC、LEF1、WIF1、CTNNB1和SOX2）中，BCL9L與MYC有很強(qiáng)的相關(guān)性（r=0.34）和CTNNB1（r=...

褪黑素可挽救TBI后皮層的鐵蓄積和神經(jīng)元損傷 為了進(jìn)一步研究褪黑素在TBI后鐵蓄積和神經(jīng)元損傷中的假定作用，在TBI后第3天，在受傷的皮層中觀察到了Fe2 +，F(xiàn)e3+，總鐵含量顯著增加。而褪黑素或Lip-1抑制TBI誘導(dǎo)的血清和同側(cè)皮層中鐵含量的上調(diào)的。Perls的藍(lán)色染色表明，TBI后第7天鐵陽(yáng)性細(xì)胞的數(shù)量顯著增加，褪黑素或Lip-1***組的鐵陽(yáng)性細(xì)胞少于對(duì)照組。鑒于TBI誘導(dǎo)的鐵超載伴隨著Fth表達(dá)的上調(diào)，使用免疫熒光染色觀察了TBI后神經(jīng)元中Fth的表達(dá)。發(fā)現(xiàn)與假手術(shù)組相比，模型組中Fth陽(yáng)性神經(jīng)元的***增加，而褪黑素和Lip-1處理顯著降低了Fth陽(yáng)性神經(jīng)元。與假手術(shù)組...

3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調(diào)IL-6和IL-10 據(jù)報(bào)道，DRD2可調(diào)節(jié)M1的極化。結(jié)果顯示，在DRD2表達(dá)水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤(rùn)增加，M2Mφ的浸潤(rùn)減少(圖3A)。為進(jìn)一步研究DRD2對(duì)TAMs的調(diào)控作用，構(gòu)建了BrCa與Mφ共培養(yǎng)體系。當(dāng)Mφ與表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞共培養(yǎng)時(shí)，qRT-PCR顯示M1表型標(biāo)記增加，M2Mφ標(biāo)記下調(diào)(圖3B-C)。qRT-PCR也證實(shí)了載體轉(zhuǎn)染的BrCa細(xì)胞將Mφ調(diào)節(jié)為M2型(圖3C)[12]。WB結(jié)果顯示，表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞上調(diào)M1標(biāo)記iNOS，下調(diào)M2標(biāo)記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達(dá)DRD2的*...

組織學(xué)分析表明，白樺素可以減少白色脂肪細(xì)胞組織（WAT）和棕色脂肪細(xì)胞組織（BAT）的細(xì)胞大小，而洛伐他汀*可以減少棕色脂肪細(xì)胞的大?。▓D5G）。 油紅色O切片染色表明，與用WD喂養(yǎng)的對(duì)照***小鼠的肝臟相比，洛伐他汀或白樺素處理的小鼠的肝臟具有較低的脂質(zhì)蓄積（圖5G）。這與洛伐他汀和白樺素降低肝脂質(zhì)含量的先前數(shù)據(jù)一致（圖5E和5F）。 5、白樺素可以改善小鼠的胰島素抵抗 由于白樺素可降低血清和組織中的脂質(zhì)水平，因此接下來(lái)研究了白樺素是否可改善體內(nèi)胰島素抵抗。與進(jìn)食chow糧的小鼠相比，由WD喂養(yǎng)的小鼠表現(xiàn)出葡萄糖受損和胰島素耐受性。WD喂養(yǎng)的小鼠的白樺素或洛伐他汀***可顯著...

在確定了UCP1與AKI中的脂質(zhì)積累負(fù)相關(guān)后，我們?cè)噲D闡明其潛在的關(guān)系。首先，我們使用UCP1特異性過(guò)表達(dá)慢病毒載體和UCP1激動(dòng)劑CL316243構(gòu)建UCP1上調(diào)的細(xì)胞模型(圖3A)。如圖3B所示，UCP1過(guò)表達(dá)***降低了順鉑暴露HK2的脂質(zhì)積累。UCP1激動(dòng)劑CL316243也得到了類似的結(jié)果。這些結(jié)果表明，UCP1參與了AKI中脂質(zhì)積累的調(diào)節(jié)。為了進(jìn)一步驗(yàn)證這一調(diào)控關(guān)系，提高證據(jù)的可靠性，我們采用腎多點(diǎn)注射UCP1特異性過(guò)表達(dá)腺病毒的方法建立AKI過(guò)表達(dá)UCP1的動(dòng)物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過(guò)表達(dá)UCP1可***緩解AKI動(dòng)物模型中的脂質(zhì)積累(圖3E)。***，使用UCP1...

紡錘體裝配檢查點(diǎn)(SAC)作為一個(gè)傳感器的**的著絲點(diǎn)延遲有絲分裂進(jìn)入后期，直到適當(dāng)?shù)娜旧w分離得到保證。這一安全機(jī)制的破壞導(dǎo)致基因組不穩(wěn)定和非整倍體，這是胚胎死亡、先天性出生缺陷、智力殘疾和**的遺傳原因。然而，盡管了解了控制SAC的基本機(jī)制，但信號(hào)通路如何直接與有絲分裂檢查點(diǎn)活動(dòng)相互作用和調(diào)節(jié)仍是未知的。在對(duì)細(xì)胞外刺激的反應(yīng)中，參與細(xì)胞生長(zhǎng)、生存和分化的多種信號(hào)通路網(wǎng)絡(luò)被***，這一過(guò)程***受到Ras家族小鳥(niǎo)苷三磷酸酶(GTPases)的調(diào)控。RIT1是一種ras相關(guān)的GTPase，調(diào)節(jié)細(xì)胞存活和應(yīng)激反應(yīng)，是通過(guò)有絲分裂和適當(dāng)?shù)娜旧w分離及時(shí)進(jìn)展的必要條件。circNDUFB2過(guò)表達(dá)影響...

USF2促進(jìn)circACTN4在BC中的表達(dá)為 了研究 circRNA 在 BC發(fā)展中的功能，利用芯片分析檢測(cè)了4對(duì)BC組織和*旁組織中circRNA表達(dá)特征。共發(fā)現(xiàn)85個(gè)***差異表達(dá)的circRNAs， 63 個(gè)上調(diào)和22個(gè)下調(diào)circRNAs。熱圖顯示了14個(gè)上調(diào)的circRNA，其中circACTN4是失調(diào)**嚴(yán)重的一個(gè)，差異高達(dá)10倍。根據(jù)circBase數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)circACTN4來(lái)自位于人類19號(hào)染色體上的ACTN4基因，產(chǎn)生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過(guò) Sanger 測(cè)序驗(yàn)證了反向剪接連接點(diǎn)。為了驗(yàn)證circACTN4的環(huán)形結(jié)構(gòu)，使用聚斂引物和...

4.co-IP驗(yàn)證LIR基序突變影響自噬 在HEK293T細(xì)胞中進(jìn)行co-IP，結(jié)果表明STBD1LIR基序W203C是影響基因互作的重要結(jié)構(gòu)。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，STBD中W203C突變影響其與GABARAPL1的結(jié)合，進(jìn)而影響自噬指標(biāo)的表達(dá)。 5. 在臨床樣本中檢測(cè)STBD1的表達(dá) 在*組織、*旁中檢測(cè)STBD1的表達(dá)水平，結(jié)果表明STBD1在*組織中***下調(diào)，與之前的預(yù)測(cè)結(jié)果一致。 6.細(xì)胞實(shí)驗(yàn)研究STBD1的功能 在多種*細(xì)胞中進(jìn)行細(xì)胞功能實(shí)驗(yàn)，STBD1抑制*細(xì)胞生長(zhǎng)，突變W203C會(huì)部分回復(fù)STBD1的抑制作用。 7.動(dòng)物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證STBD1的...

由于p65轉(zhuǎn)位到細(xì)胞核并促進(jìn)其靶向基因的轉(zhuǎn)錄，假設(shè)NFκB/p65信號(hào)通路的***可通過(guò)p65的轉(zhuǎn)錄活性上調(diào)miR-934表達(dá)。在p65和miR-934啟動(dòng)子之間發(fā)現(xiàn)了5個(gè)潛在的轉(zhuǎn)錄結(jié)合區(qū)域和2個(gè)特異性結(jié)合位點(diǎn)（Fig. 8d）。隨后，用miR-934啟動(dòng)子中含有p65結(jié)合區(qū)域的載體轉(zhuǎn)染SW480和RKO細(xì)胞；ChIP實(shí)驗(yàn)證明p65對(duì)miR-934的轉(zhuǎn)錄在-2002和-1500 bp（區(qū)域1）之間的區(qū)域內(nèi)***增高，在其他四個(gè)結(jié)合區(qū)域中未觀察到明顯變化（Fig. 8e）。這些數(shù)據(jù)表明，區(qū)域1可能在調(diào)節(jié)CRC細(xì)胞中p65介導(dǎo)的miR-934轉(zhuǎn)錄誘導(dǎo)中起關(guān)鍵作用。熒光素酶報(bào)告基因檢測(cè)證實(shí)p65對(duì)S...

前，PROTAC-DB包括1662個(gè)PROTAC，202個(gè)彈頭（靶向目標(biāo)蛋白質(zhì)的小分子），65個(gè)E3配體（能夠募集E3連接酶的小分子）和806個(gè)接頭，以及它們的化學(xué)結(jié)構(gòu)，生物學(xué)活性和理化性質(zhì)。除了彈頭和E3配體的生物活性外，PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力，結(jié)合親和力和細(xì)胞活性。 數(shù)據(jù)庫(kù)的查詢和瀏覽為了方便對(duì)PROTAC-DB中的數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索，作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上，PROTAC-DB可以進(jìn)行基于文本的檢索和基于結(jié)構(gòu)的檢索。基于文本的搜索是在整個(gè)PROTAC-DB中進(jìn)行搜索的一種簡(jiǎn)單方式，只需輸入單個(gè)術(shù)語(yǔ)，如目標(biāo)名稱、化合物名稱或ID。對(duì)于基于結(jié)構(gòu)的搜索...

意味著先前接受過(guò)CAR-T細(xì)胞***的小鼠的**控制***增強(qiáng)(Fig.5H-I)。值得注意的是，第30天的**大小與**侵襲前血液中CD3+T細(xì)胞的數(shù)量呈***負(fù)相關(guān)(Fig.5J)，表明CDK4/6i處理的CAR-T細(xì)胞的持久性增強(qiáng)是驅(qū)動(dòng)**控制的關(guān)鍵因素。事實(shí)上，**接種后40天，接受預(yù)處理的CAR-T細(xì)胞的小鼠浸潤(rùn)C(jī)D4+和CD8+CAR-T細(xì)胞的數(shù)量***增加(Fig.5K)。接下來(lái)通過(guò)將未處理或預(yù)處理的抗LeYCAR-T細(xì)胞轉(zhuǎn)移到OVCAR-3荷瘤小鼠體內(nèi)，檢測(cè)了CDK4/6i預(yù)處理對(duì)CAR-T細(xì)胞急性療效的影響。用CDK4/6i預(yù)處理CAR-T細(xì)胞可***增強(qiáng)其抗**活性（Fig...

三、放線菌和鏈球菌的不同譜系臨時(shí)區(qū)分口腔微生物群 tree-based sparse LDA在口腔中識(shí)別出了10個(gè)分支，共71個(gè)asv，沿***軸的時(shí)間點(diǎn)分離樣本比較好(圖3B)。asv的兩個(gè)比較大的區(qū)分組隸屬于放線菌科和鏈球菌科(圖3B)。放線菌ASV 18(放線菌ASV 18)和鏈球菌ASV 28 (Streptococcus ASV 28)的ASV數(shù)量**多，且其16S rRNA部分基因序列分別與粘放線菌(放線菌)和鏈球菌(Streptococcus mitis)類群具有較高的序列相似性。另一種鑒別asv分別隸屬于普雷沃菌科(Prevotellaceae)和桿菌科(Bacill...

一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達(dá)增加 INPP4B被確定為人類乳腺*er陽(yáng)性標(biāo)記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達(dá)缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現(xiàn)，促使我們檢測(cè)其在ER+乳腺*中的相對(duì)表達(dá)和功能。INPP4B蛋白表達(dá)缺失與三陰性乳腺*相關(guān)(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達(dá)在14 40%的乳腺*相對(duì)于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(nèi)(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補(bǔ)充圖1 b, c)。在mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測(cè)130例...

piRNA-30473通過(guò)調(diào)控WTAP的表達(dá)介導(dǎo)m6A的甲基化 為了進(jìn)一步探討piRNA-30473在DLBCL中轉(zhuǎn)錄組調(diào)控中的作用，我們?cè)谵D(zhuǎn)染antiagomir-30473后48h檢測(cè)m6A整體甲基化水平。結(jié)果顯示，轉(zhuǎn)染antiagomir-30473的細(xì)胞總體m6A水平降低(圖3A,3B)。METTL3,METTL14,WTAP,FTO和ALKBH5是關(guān)鍵的m6A甲基轉(zhuǎn)移酶或去甲基化酶，它們的失調(diào)可能導(dǎo)致DLBCL中m6A修飾譜異常。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，抑制piRNA-30473降低了WTAP的表達(dá)(圖3C,3D)，而其他蛋白表達(dá)無(wú)明顯差異。同時(shí)，免疫共沉淀表明，antiagomir-3...

環(huán)狀RNA（circRNA）是動(dòng)植物中一類豐富且保守的RNA。**近的研究表明，circRNA可以通過(guò)充當(dāng)非編碼RNA或編碼RNA發(fā)揮多種生物學(xué)作用。體外合成的circRNA可以不依賴于帽的方式進(jìn)行翻譯。但鑒定circRNA編碼的蛋白質(zhì)是困難的，主要是因?yàn)閏ircRNA序列及其宿主基因的同源線性mRNA具有較大的重疊。近期NucleicAcidsResearch雜志在線發(fā)表了題名為：TransCirc:aninteractivedatabasefortranslatablecircularRNAsbasedonmulti-omicsevidence的文章，該文章主要講述了circRNA翻譯預(yù)測(cè)...

染色質(zhì)可及性是驅(qū)動(dòng)腎元發(fā)育的動(dòng)態(tài)過(guò)程，而腎元祖細(xì)胞具有不同的染色質(zhì)可及性譜，且隨其分化而變化。染色質(zhì)可及性在促進(jìn)或抑制腎臟修復(fù)和再生中的作用對(duì)于設(shè)計(jì)急性和慢性腎臟疾病的治療方案具有重要意義，并可能有助于改善腎臟類***的定向分化。scRNA-seq和snATAC-seq在成年小鼠腎臟中的聯(lián)合分析為理解染色質(zhì)可及性如何調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄提供了一個(gè)框架。然而，人類腎臟的單細(xì)胞表觀基因組還沒(méi)有被描述。 生物信息學(xué)工具可以從snATAC-seq數(shù)據(jù)集中提取出scRNA-seq無(wú)法獲取的***信息。預(yù)測(cè)細(xì)胞類型特異性順式調(diào)控DNA相互作用和轉(zhuǎn)錄因子活性是補(bǔ)充scRNA-seq獲得的轉(zhuǎn)錄信息的兩種方法。長(zhǎng)...

雄***和雄***受體(AR)是******轉(zhuǎn)錄因子(TF)，是驅(qū)動(dòng)前列腺*(PCa)發(fā)***展的關(guān)鍵因素。因此AR是晚期PCa******的主要分子靶點(diǎn)。雄***剝奪療法，特別是第二代抗雄***和雄***合成抑制劑**初是有效的。然而，由于患者仍然可以從晚期PCa進(jìn)展到致命性去勢(shì)抗性前列腺*(CRPC)，需要新的***靶點(diǎn)和生物標(biāo)志物。靶蛋白的一個(gè)來(lái)源可能是ar相關(guān)的染色質(zhì)蛋白。 大多數(shù)目前已知的核受體(NR)相互作用蛋白，包括那些AR，已經(jīng)通過(guò)遺傳篩選，如雙雜交系統(tǒng)，免疫共沉淀和基于肽段的體外方法。盡管親和純化-質(zhì)譜耦合(MS)已經(jīng)啟發(fā)了NRs的輔助調(diào)節(jié)器，但它很少在**NRs自...

6）Pex衍生的CD44v6和C1QBP的高表達(dá)預(yù)示著PDAC患者的肝轉(zhuǎn)移和低生存率采用免疫組化和westernblot檢測(cè)肝轉(zhuǎn)移灶周圍肝組織和正常肝組織的纖維化ECM微環(huán)境。與體內(nèi)實(shí)驗(yàn)一致，纖維連接蛋白、I型膠原和α-SMA水平***升高，而玻連蛋白和固生蛋白C水平下調(diào)(圖7A，B)。接下來(lái)，我們研究了外泌體衍生CD44v6和C1QBP在PDAC患者中的預(yù)后價(jià)值。外泌體CD44v6和C1QBP在PDAC組織中的表達(dá)明顯高于正常胰腺組織(圖7C)。此外，有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達(dá)明顯高于無(wú)肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者(圖7C)。免疫電鏡顯示，CD44v6和C1QBP在P...

耗盡的**內(nèi)T細(xì)胞會(huì)經(jīng)歷嚴(yán)重的缺氧 雖然缺氧在**中很常見(jiàn)，但尚不清楚**內(nèi)T細(xì)胞亞群是否比其他T細(xì)胞更容易缺氧。我們首先在8-10 mm(第14天)B16黑色素瘤中沿著衰竭譜對(duì)CD8+**浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞(TILs)進(jìn)行表型分析(擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖1a)。**終衰竭的T細(xì)胞被定義為高水平和持續(xù)表達(dá)PD-1和共表達(dá)Tim-3(圖1a)，具有高的LAG3和Tox表達(dá)，低的TCF1表達(dá)，通過(guò)將gp100特異的Pmel-1 T細(xì)胞轉(zhuǎn)移到攜帶b16的小鼠中，一旦它們達(dá)到**終衰竭，就會(huì)重新刺激它們，從而測(cè)定抗原特異性反應(yīng)(擴(kuò)展數(shù)據(jù)圖1b)。與LN-resident Pmel-1 T細(xì)胞相比，gp100-...

為了確定s-flow和d-flow在體內(nèi)單細(xì)胞分辨率下對(duì)ECs基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)和染色質(zhì)可及性譜的全基因組影響，我們使用小鼠PCL模型進(jìn)行了scRNA-seq和scATAC-seq。將C57BL/6小鼠部分結(jié)扎，以暴露于血流的對(duì)側(cè)RCA作為對(duì)照，在LCA中誘導(dǎo)d-血流。部分結(jié)扎后2天(2D)和2周(2W)， rca (2D- r和2W- r)和lca (2D- l和2W- l)用膠原酶酶解獲得單個(gè)細(xì)胞和單個(gè)核，分別用于scRNA-seq和scATAC-seq。 在標(biāo)準(zhǔn)化之后，一個(gè)基于無(wú)監(jiān)督圖的聚類將細(xì)胞劃分成組，通過(guò)統(tǒng)前列形近似和投影(UMAP)圖可視化(圖1A)。我們的UMAP分析確定了...

基序分析發(fā)現(xiàn)E2F TF基序在乙?；档拖嚓P(guān)區(qū)域***富集，在T細(xì)胞記憶驅(qū)動(dòng)因子相關(guān)基序乙?；黾?，包括含叉頭框因子(Fig. 2F)。為了確定這些變化是否伴隨著對(duì)不同細(xì)胞狀態(tài)的長(zhǎng)期表觀遺傳影響，在CDK4/6抑制后對(duì)體外活化的T細(xì)胞進(jìn)行了ATAC-seq，觀察到染色質(zhì)開(kāi)放性的整體降低，T細(xì)胞記憶相關(guān)基因區(qū)域的開(kāi)放性增加，包括Tcf7、Ccr7和Sell (Fig. 2G)。為了解開(kāi)CDK4/6抑制后記憶和效應(yīng)特征的明顯二分法，在暴露于CDK4/6i 24h后，對(duì)體外活化T細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞RNA-seq。該分析顯示存在CDK4/6i處理后改變的不同T細(xì)胞亞群，簇2、4、5和8增加，簇0減少，以...

RIT1M90I***降低了MAD2-CDC20和BubR1-CDC20的相互作用(圖4E和4F)；表明致病RIT1蛋白水平阻礙MCC的完整性，符合RIT1從CDC20中隔離MAD2并促進(jìn)MCC拆卸的模型。用重組RIT1補(bǔ)充這些提取物增加了CyclinB1和Securin的泛素化和降解，表明APC/C活性增加，可能是由于MCC抑制緩解(圖4G)。RIT1缺失細(xì)胞顯示CyclinB1降解延遲(圖4H)。此外，RIT1M90I的表達(dá)加速了正常細(xì)胞生長(zhǎng)下CyclinB1的降解(圖4I);然而，其對(duì)CyclinB1降解的影響在藥理學(xué)誘導(dǎo)的有絲分裂阻滯下被消除(圖S4M)，這表明致病性水平的RIT1不能...

5）circPDE4B和RIC8A調(diào)控軟骨細(xì)胞中的p38信號(hào)通路 為了闡明RIC8A下游的信號(hào)通路，我們研究了RIC8A敲低的HCs中MAPKs、NF-κB和mTOR的磷酸化水平。兩種RIC8AshRNA***降低了p38的磷酸化水平(圖5A)。然后用信號(hào)分子抑制劑對(duì)HCs進(jìn)行預(yù)處理，包括ERK1/2抑制劑、p38抑制劑和JNK抑制劑，然后是RIC8A過(guò)表達(dá)。經(jīng)過(guò)p38MAPK抑制劑預(yù)處理的RIC8A過(guò)表達(dá)抑制了OA，然而，ERK或JNK抑制劑對(duì)其沒(méi)有影響(圖5B)。此外，***RIC8AshRNA或過(guò)表達(dá)腺病毒后，p38MAPK的磷酸化及其定位發(fā)生了異常調(diào)節(jié)(圖5C-E)。這些結(jié)果...

為了完全理解HoxBlinc過(guò)表達(dá)調(diào)控HSPC造血轉(zhuǎn)錄程序的機(jī)制，進(jìn)行了ChIRP-seq在WT和HoxBlincTg Lin - c-Kit+細(xì)胞中繪制基因組HoxBlinc結(jié)合位點(diǎn)。HoxBlinc的過(guò)表達(dá)***增加了其與HoxB前基因啟動(dòng)子區(qū)域和其他反式靶點(diǎn)的結(jié)合，如Stat1、Cdr2、Wnt5a、Runx1和后HoxA基因（圖5d）。Lin-c-Kit+細(xì)胞基因組中HoxBlinc結(jié)合位點(diǎn)的整體分布表明，HoxBlinc主要與非編碼區(qū)相互作用，包括基因間區(qū)、內(nèi)含子和啟動(dòng)子。值得強(qiáng)調(diào)的是，HoxBlinc的過(guò)表達(dá)***增加了其與啟動(dòng)子和UTR的占用（圖5e）。整合來(lái)自WT和HoxBli...

m6A RNA甲基化是mRNA轉(zhuǎn)錄后**常見(jiàn)的內(nèi)部甲基化。這是一個(gè)由m6A WER系統(tǒng)控制的可逆過(guò)程，由書(shū)寫(xiě)器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結(jié)果取決于特異性閱讀器的識(shí)別并結(jié)合。目前研究發(fā)現(xiàn)抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關(guān)。該研究2021年1月發(fā)表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。 1.YTHDC2表達(dá)在LUAD中被抑制，且與臨床預(yù)后差相關(guān) 為了驗(yàn)證m6A閱讀器在肺*的表達(dá)，作者通過(guò)GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNP...

circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細(xì)胞的免疫防御反應(yīng) 為了研究參與circNDUFB2的信號(hào)通路，使用RNA測(cè)序（RNA-seq）進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明circNDUFB2過(guò)表達(dá)影響934個(gè)基因的表達(dá)水平，其中743個(gè)基因上調(diào)，191個(gè)基因被下調(diào)?；虮倔w生物學(xué)過(guò)程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發(fā)了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號(hào)傳導(dǎo)?；蚣患治觯℅SEA）也表明目標(biāo)基因的信號(hào)傳導(dǎo)途徑參與了免疫反應(yīng)。確認(rèn)了在circNDUFB2過(guò)表達(dá)的NSCLC細(xì)胞中一組免疫基因表達(dá)被上調(diào)，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細(xì)胞中這些基因的水平。這...