四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細(xì)胞異質(zhì)性 為了確定我們是否能夠檢測出具有可變claudin表達(dá)模式的細(xì)胞亞群，在snRNA-seq數(shù)據(jù)集的umap圖上劃分三個(gè)亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細(xì)肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達(dá)模式。一組細(xì)胞(SLC12A1+UMOD+)表達(dá)粗升肢標(biāo)記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細(xì)胞表達(dá)另一組TAL特異性標(biāo)記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細(xì)胞根據(jù)之前發(fā)表的標(biāo)記的表達(dá)被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗(yàn)證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SL...

SIM2是否也影響AR與染色質(zhì)的結(jié)合，我們在SIM2沉默后進(jìn)行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數(shù)arb的結(jié)合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質(zhì)占用大約相同數(shù)量的地點(diǎn)(圖7 a、b)。當(dāng)反映這些siSIM2-affected染色質(zhì)易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質(zhì)可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點(diǎn)在AR結(jié)合方面沒有變化。大多數(shù)由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析...

3.構(gòu)建微生物群共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行聚類分析 使用SparCC算法構(gòu)建差異ASV共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)。 分析并比較了腺瘤和對照組中生物標(biāo)志物的模式，將它們進(jìn)一步組裝成具有不同分類學(xué)組成的四個(gè)簇。這些簇與患者的年齡，性別和BMI等特征沒有緊密聯(lián)系。此外，還探討了CRC患者腸道菌群在24種生物標(biāo)記物組中的共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)，并產(chǎn)生了三個(gè)簇。聚類1的細(xì)小螺旋藻科物種被分配的ASV**少，而聚類2在分類學(xué)上是異質(zhì)的，在CRC個(gè)體中患病率較高。 4.結(jié)腸*、腺瘤分類模型的驗(yàn)證 結(jié)果表明，微生物來源的生物標(biāo)志物組在檢測大腸腺瘤方面優(yōu)于FIT，并且它們的組合可以提高非侵入性腺瘤診斷的準(zhǔn)確性。 5...

3）LINC00926通過抑制乳腺*細(xì)胞中PGK1的表達(dá)來抑制糖酵解 由于PGK1是一種關(guān)鍵的糖酵解酶，而LINC00926被鑒定為負(fù)調(diào)控PGK1的lncRNA，我們想知道需氧糖酵解是否在LINC00926介導(dǎo)的乳腺*細(xì)胞增殖抑制中發(fā)揮作用。我們測試了LINC00926對葡萄糖攝取、乳酸生成和ATP生成的調(diào)節(jié)作用。結(jié)果表明，LINC00926降低了葡萄糖攝取、乳酸生成和ATP生成(圖3A)。在LINC00926轉(zhuǎn)染的細(xì)胞中，PGK1的表達(dá)逆轉(zhuǎn)了這些作用。LINC00926還顯示出細(xì)胞外酸化率下降(圖3B和3C)。PGK1在LINC00926轉(zhuǎn)染的細(xì)胞中重新表達(dá)挽救了這些效果。在PGK...

我們接下來試圖識別circPDE4B上游調(diào)節(jié)器。我們首先對circPDE4B側(cè)翼序列進(jìn)行RNA pull-down-MS檢測，發(fā)現(xiàn)兩個(gè)與RNA剪接相關(guān)的RBP，包括DExH-box helicase 9和FUS(圖1G)。RT-qPCR結(jié)果顯示，F(xiàn)US敲除后，HCs中circPDE4B表達(dá)下調(diào)，而pPDE4B和mPDE4B沒有明顯變化(圖1H)。此外，***兩種FUS shRNA慢病毒只降低了circPDE4B的表達(dá)(圖1I)，而過表達(dá)FUS則上調(diào)了circPDE4B的表達(dá)(圖1I)。接下來，RIP分析顯示FUS與外顯子相鄰的位點(diǎn)結(jié)合，而其他遠(yuǎn)端位點(diǎn)則可以忽略(圖1J，K)。我們還尋找了可能的...

人類干細(xì)胞miRNA的PCR芯片用于研究干細(xì)胞感應(yīng)、維護(hù)、分化和識別相關(guān)的84個(gè)miRNA的表達(dá)。所有的干細(xì)胞都能夠自我更新和分化成多種細(xì)胞類型。多能干細(xì)胞能夠分化成3胚層的任何類型細(xì)胞,而3胚層表達(dá)--組對多能性至關(guān)重要的miRNA，包括可以提高重編程使分化細(xì)胞回到干細(xì)胞狀態(tài)。然而，**近的研究表明，與胚胎干細(xì)胞(ESC)相比，誘導(dǎo)多能干細(xì)胞(IPSC)和始發(fā)態(tài)(或外胚層)干細(xì)胞(epiSC)的miRNA表達(dá)有差異。在分化過程多能性標(biāo)記物的表達(dá)水平下降而其他分化關(guān)鍵miRNA的表達(dá)增加。附加的miRNA在特定階段或在特定血統(tǒng)變得更加普遍，導(dǎo)致miRNA對三種不同胚層祖細(xì)胞獨(dú)特的表達(dá)模式。這個(gè)...

為了驗(yàn)證tRFs&tiRNA-Seq數(shù)據(jù)，作者檢測了91對PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達(dá)，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達(dá)水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達(dá)***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達(dá)在*和*旁中無***差異（圖1H）。總之，tiRNA-Gly可能在PTC的進(jìn)展中起致*作用。 在小鼠模型中，tiRNA-Gly調(diào)節(jié)PTC細(xì)胞的增殖和遷移，并影響**生長 首先檢測了tiRNA-Gly在3株P(guān)TC細(xì)胞系中的表達(dá)，如圖2A所示，K1細(xì)胞系中tiRNA-Gly的表達(dá)***低于B...

了解流量調(diào)節(jié)內(nèi)皮基因的表達(dá)在轉(zhuǎn)錄和體內(nèi)外遺傳性染色質(zhì)易訪問性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標(biāo)部分頸動(dòng)脈結(jié)扎(PCL)模型或豬動(dòng)脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內(nèi)，d-flow快速誘導(dǎo)，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發(fā)展。PCL模型包括結(jié)扎左側(cè)頸總動(dòng)脈(LCA)的4個(gè)遠(yuǎn)端分支中的3個(gè)以誘導(dǎo)d-血流，同時(shí)使用繼續(xù)暴露于s-血流的對側(cè)右側(cè)頸總動(dòng)脈(RCA)作為內(nèi)部控制。我們進(jìn)一步開發(fā)了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內(nèi)皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測序(RNA-...

4、CDK4/6預(yù)處理增強(qiáng)功能性記憶CD8+T細(xì)胞的持久性 長期生存能力是T細(xì)胞記憶的基本特征。為了確定CDK4/6i處理的細(xì)胞在體內(nèi)是否表現(xiàn)出優(yōu)越的存活率，將未處理和CDK4/6i預(yù)處理的體外活化CD45.1OT-iT細(xì)胞轉(zhuǎn)移至同源CD45.2小鼠中，并通過流式細(xì)胞術(shù)評價(jià)其隨時(shí)間的持續(xù)性和表型（Fig.4A）。在30天內(nèi)，在血液和脾臟中檢測到的預(yù)處理OT-I-T細(xì)胞的頻率明顯更高（Fig.4B）。30天后，未處理和預(yù)處理的OT-I-T細(xì)胞在血液和脾臟中的表型持久性相似，都具有記憶前體的特征(MPECs;KLRG1-CD127+)(Fig.4C)。為了評價(jià)CDK4/6i處理細(xì)胞的記憶...

miR-144通過EVs從鼻咽*細(xì)胞進(jìn)入HUVECs，增強(qiáng)了HUVECs的遷移和侵襲 既往文獻(xiàn)證實(shí)血管生成需要內(nèi)皮細(xì)胞的遷移和成管能力。因此，我們試圖研究NPC-EVs分泌的miR144對HUVECs遷移和侵襲的影響，以闡明**分泌的miR-144在血管生成中的作用。首先，在熒光顯微鏡下觀察HUVECs在不同時(shí)間點(diǎn)對PKH67標(biāo)記EVs的攝取。結(jié)果證實(shí)了HUVECs細(xì)胞質(zhì)中存在PKH67信號，提示HUVECs已被HUVECs內(nèi)吞。隨著時(shí)間的推移，與NP69-EV組相比，C666-1-EV組和SUNE1-EV組的HUVECs逐步表現(xiàn)出更大程度的EV內(nèi)化(圖3A)。qRT-PCR結(jié)果顯示...

人類的視黃酸信號通路PCR芯片用于研究參與視黃酸信號通路的84關(guān)鍵基因的表達(dá)。視黃酸(RA)具有重要的生物學(xué)功能，由維生素A(視黃醇)派生而來，其活性涉及多種生物學(xué)過程如脊椎動(dòng)物發(fā)育和內(nèi)穩(wěn)態(tài)而中斷這個(gè)途徑會導(dǎo)致心臟、神經(jīng)、生殖、和皮膚組織等發(fā)育異常和功能中斷。RA通過綁定其家族的**受體(視黃酸受體a、β和)然后二聚化和伴侶(視黃素X受體a、B和v)和改變轉(zhuǎn)錄,發(fā)揮重要功能。此外**近的證據(jù)表明，另一個(gè)受體(PPAR5)在某些組織和視黃醇中也對RA信號產(chǎn)生應(yīng)答,RA也可能誘發(fā)非基因組細(xì)胞的效應(yīng)。因此RA的影響程度取決于其同源受體、負(fù)責(zé)轉(zhuǎn)換視黃醇為RA的酶、降低RA水平的代謝酶和運(yùn)輸?shù)鞍椎鹊谋磉_(dá)...

8.EVs介導(dǎo)的ELNAT1上調(diào)HLECs中SOX18的表達(dá) qRT-PCR分析UM-UC-3-EV1載體或UM-UC-3-EVELNAT1處理的HLECs中淋巴管生成相關(guān)基因的表達(dá)，結(jié)果顯示SRY-box轉(zhuǎn)錄因子18（SOX18）是**明顯的與EVs介導(dǎo)的ELNAT1表達(dá)正相關(guān)的基因（Figure8A,B）。此外，ChIRP分析表明EVs介導(dǎo)的ELNAT1與HLECs中SOX18啟動(dòng)子的771~786bp（p4）直接相互作用（Figure8C,D）。SOX18-p4區(qū)域的突變降低了EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)的熒光素酶活性（Figure8E,F），表明SOX18-p4對于EVs介導(dǎo)...

數(shù)據(jù)庫概況 目前，MarkerDB數(shù)據(jù)庫包含142個(gè)蛋白質(zhì)生物標(biāo)記，1089個(gè)化學(xué)生物標(biāo)記，154個(gè)核型生物標(biāo)記和26374個(gè)遺傳標(biāo)記。這些分類為25560個(gè)診斷生物標(biāo)志物，102個(gè)預(yù)后生物標(biāo)志物，265個(gè)暴露生物標(biāo)志物和6746個(gè)預(yù)測生物標(biāo)志物或生物標(biāo)志物組。這些標(biāo)記可共同用于檢測，監(jiān)視或預(yù)測670種特定人類疾病，這些疾病分為27大疾病類別。 MarkerDB中五個(gè)主要分子標(biāo)記類別 化學(xué)生物標(biāo)志物 MarkerDB中的化學(xué)生物標(biāo)記物包括各種先天性代謝或遺傳疾病、**、代謝紊亂、傳染病、藥物暴露、化學(xué)/污染物暴露和飲食攝入的標(biāo)記物。MarkerDB中的1089個(gè)化學(xué)...

2.Lnc-PMIF抑制OPCs遷移到骨形成表面 在成骨細(xì)胞分化過程中，lnc-PMIF在早期增加，在礦化啟動(dòng)后減少，表明lnc-PMIF可能在成骨分化的早期階段發(fā)揮作用。過表達(dá)/敲低lnc-PMIF不影響OPCs的增殖和成骨分化。敲低lnc-PMIF的細(xì)胞遷移減弱，敲低組細(xì)胞處理的小鼠脛骨中Dil標(biāo)記細(xì)胞數(shù)量升高，小鼠中l(wèi)nc-PMIF表達(dá)更高。這些表明lnc-PMIF可抑制OPCs向骨形成表面的遷移，而不干擾其增殖和成骨潛能。 3.Lnc-PMIF與HuR相互作用抑制β-actin的表達(dá)以抑制OPC遷移 為探索Lnc-PMIF介導(dǎo)的OPC遷移的調(diào)節(jié)機(jī)制。RNApull...

蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物 MarkerDB中142個(gè)蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物覆蓋了160多種疾病。MarkerDB中的所有蛋白質(zhì)生物標(biāo)記物數(shù)據(jù)都是從OncoMX、CBD和UPBD原始文獻(xiàn)中提取的，結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB收集。目前，MarkerDB中的所有蛋白質(zhì)標(biāo)記都有一個(gè)或多個(gè)疾病關(guān)聯(lián)，以及MarkerDB ID、序列、結(jié)構(gòu)、詳細(xì)的蛋白質(zhì)描述、蛋白質(zhì)名稱/同義詞、蛋白質(zhì)理化數(shù)據(jù)、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍，生物流體、一個(gè)或多個(gè)文獻(xiàn)參考和其他在線數(shù)據(jù)庫的外部超鏈接。 發(fā)現(xiàn)乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。醫(yī)學(xué)相關(guān)科研推薦咨詢 2）阿爾茨海默病患者皮質(zhì)區(qū)受損星形膠質(zhì)細(xì)胞中氧化應(yīng)激誘導(dǎo)的...

circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細(xì)胞的免疫防御反應(yīng) 為了研究參與circNDUFB2的信號通路，使用RNA測序（RNA-seq）進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明circNDUFB2過表達(dá)影響934個(gè)基因的表達(dá)水平，其中743個(gè)基因上調(diào)，191個(gè)基因被下調(diào)?；虮倔w生物學(xué)過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發(fā)了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號傳導(dǎo)?；蚣患治觯℅SEA）也表明目標(biāo)基因的信號傳導(dǎo)途徑參與了免疫反應(yīng)。確認(rèn)了在circNDUFB2過表達(dá)的NSCLC細(xì)胞中一組免疫基因表達(dá)被上調(diào)，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細(xì)胞中這些基因的水平。這...

SIM2是否也影響AR與染色質(zhì)的結(jié)合，我們在SIM2沉默后進(jìn)行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數(shù)arb的結(jié)合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質(zhì)占用大約相同數(shù)量的地點(diǎn)(圖7 a、b)。當(dāng)反映這些siSIM2-affected染色質(zhì)易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質(zhì)可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點(diǎn)在AR結(jié)合方面沒有變化。大多數(shù)由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析...

5.腸道微生物群和循環(huán)代謝產(chǎn)物之間的聯(lián)系 采用非靶向代謝組學(xué)方法測量三組血清代謝產(chǎn)物，并研究腸道微生物組和宿主循環(huán)代謝產(chǎn)物之間的關(guān)系。主成分分析(PCA)顯示，三組間主要代謝成分差異***(圖6A)。OP***A的監(jiān)督正交投影評分圖也顯示出PCOS大鼠與對照組、DHEA+PBS組與DHEA+tempol組之間的明顯區(qū)別(圖6B)。圖6C列出了三組52種血清代謝物(包括26種脂類及類脂分子)的相對豐度，說明PCOS大鼠大部分血清代謝物的豐度與對照組大鼠完全不同，說明DHEA***對血清代謝有深遠(yuǎn)的影響。PCOS大鼠服用Tempol后，血清代謝產(chǎn)物的豐度也發(fā)生了***變化，引起28種血清...

比較SLE-1和SLE-2組的轉(zhuǎn)錄表達(dá)譜，結(jié)果顯示，除ISGs外，mtDNA編碼的OXPHOS基因的表達(dá)差異比較大（Fig. 1c, d）?？傊琒LE患者純化T細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析根據(jù)ISG表達(dá)水平將其分為兩組，表達(dá)高I型IFN標(biāo)記的患者顯示線粒體編碼基因和線粒體相關(guān)代謝途徑的表達(dá)減少，在CD8 + T細(xì)胞中更明顯。這表明SLE中與I型IFN相關(guān)的線粒體功能失調(diào)。 2、ISGs高表達(dá)患者CD8+T細(xì)胞線粒體異常 在研究I型IFN信號與線粒體異常之間的潛在聯(lián)系之前，應(yīng)用計(jì)算機(jī)模擬和體外相結(jié)合的方法，根據(jù)I型IFN信號的強(qiáng)弱程度對SLE患者進(jìn)行分層：高水平的ISGs(IFN-hig...

2）整合單核RNA和ATAC數(shù)據(jù)集，用于預(yù)測和驗(yàn)證ATAC細(xì)胞類型分配 snATAC-seq捕獲單個(gè)細(xì)胞的染色質(zhì)可及性特征。相對而言，我們對細(xì)胞類型特異性染色質(zhì)可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數(shù)據(jù)集使用標(biāo)簽轉(zhuǎn)移來預(yù)測使用Seurat的snATAC-seq細(xì)胞類型。標(biāo)簽轉(zhuǎn)移是通過從snATAC-seq數(shù)據(jù)創(chuàng)建一個(gè)基因活性矩陣來進(jìn)行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動(dòng)子內(nèi)染色質(zhì)可及性的方法。在參考snRNA-seq數(shù)據(jù)集和查詢基因活性矩陣之間識別轉(zhuǎn)移錨點(diǎn)，然后分配預(yù)測的細(xì)胞類型。snATAC-seq預(yù)測分?jǐn)?shù)的分布表明，絕大多數(shù)細(xì)胞具有較高的預(yù)測分?jǐn)?shù)，并被自...

點(diǎn)擊該基因的名稱，將彈出該基因在NCBI中的鏈接。也可以單擊“paper ID”來瀏覽原始文獻(xiàn)中的更多詳細(xì)信息。***，在“詳細(xì)信息”部分中總結(jié)了有關(guān)疾病，細(xì)胞類型和基因的詳細(xì)信息。SC2disease還提供了從基于單細(xì)胞的結(jié)果和基于GWAS的結(jié)果得出的疾病的易感基因。所有GWAS數(shù)據(jù)均從GWAS目錄獲得。以2型糖尿病為例，將通過單擊“可視化”顯示由scRNA-seq和GWAS檢測到的易感基因列表。此外，可通過單擊“可視化”以可視方式顯示結(jié)果。在所得圖中，x軸是從GWAS結(jié)果獲得的基因中SNP的**小P值。y軸是從scRNA-seq結(jié)果獲得的疾病的重疊敏感性基因的細(xì)胞類型。條的顏色顯示基因表達(dá)...

6.大腸腺瘤預(yù)測模型的特異性驗(yàn)證 提高標(biāo)志物的特異性可以減少臨床診斷中的假陽性，因此有必要進(jìn)一步評估腺瘤標(biāo)志物的特異性，在此分析中，考慮了5種非CRC疾病，包括克羅恩?。–D），潰瘍性結(jié)腸炎（UC），腸易激綜合征（IBS），非酒精性脂肪肝疾病（NAFLD）和2型糖尿?。═2D）。非CRC疾病模型的AUC值明顯低于**腺瘤模型的AUC值。 7.大腸腺瘤的微生物功能改變分析 在腺瘤和對照之間的比較中，腺瘤中富含碳水化合物的生物合成途徑（例如，ADP-庚糖生物合成），無機(jī)營養(yǎng)代謝以及核苷和核苷酸的生物合成，而芳香化合物降解的途徑和次級代謝產(chǎn)物的生物合成則更為豐富。腺瘤樣本減少。...

第二次Ca2+升高，與RSL3處理常見，并被Fer-1抑制，對應(yīng)的是針對鐵下垂的胞質(zhì)Ca2+增加(Ca2+sp) (圖2F)。在Erastin-1處理后，Ca2+un增加，隨后Ca2+sp上升，細(xì)胞周圍和**終的PI攝入(圖2C-E)。相比之下，RSL3處理的細(xì)胞具有獨(dú)特和特定的Ca2+上升，隨后細(xì)胞圓整和**終的PI攝入(圖2F-H)。通過脂質(zhì)過氧化傳感器C11 BODIPY 581/591觀察到RSL3處理促進(jìn)了質(zhì)膜和亞細(xì)胞膜上的脂質(zhì)過氧化（圖2I），脂質(zhì)過氧化先于細(xì)胞圓化(圖2J, K)。考慮到胞質(zhì)Ca2+增加到細(xì)胞圓化之間的滯后時(shí)間始終低于脂質(zhì)過氧化到細(xì)胞圓化之間的滯后時(shí)間，可以估計(jì)C...

七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進(jìn)胃*進(jìn)展 A和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細(xì)胞中轉(zhuǎn)染FZD7構(gòu)建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細(xì)胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細(xì)胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細(xì)胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達(dá)結(jié)果(n= 79)。H,...

6、IFNα暴露增加CD8+T細(xì)胞的NAD+的消耗 為了了解慢性I型IFN與CD8+T細(xì)胞下游線粒體和代謝變化之間的機(jī)制聯(lián)系，首先在SLE患者CD8+T細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)中探索了哪些通路與I型IFN信號相關(guān)。結(jié)果顯示煙酸/煙酰胺代謝途徑顯示出比較高的相關(guān)性（圖6a），并且在IFN-highSLE患者的CD8+T細(xì)胞中，NAD消耗酶，如ADP-核糖聚合酶（PARP9、PARP10和PARP12）和CD3828***上調(diào)（圖6b）。觀察到延長IFNα和TCR刺激后CD8+T細(xì)胞中NAD+/NADH比值***降低（圖6d），該實(shí)驗(yàn)條件模擬了在IFN-high的SLE患者CD8+T細(xì)胞中觀察...

7）miR-155負(fù)調(diào)控SOCS6表達(dá)，***NF-κB通路 為了進(jìn)一步探討外泌體miR-155誘導(dǎo)EndoMT和線粒體功能障礙的潛在機(jī)制，我們重點(diǎn)研究了miR-155的下游基因。首先，利用在線miRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫預(yù)測了84個(gè)潛在靶基因。SOCS6是具有3’UTR的下游mRNA之一，可能與miR-155結(jié)合(圖7A)。結(jié)合GSE49329和GSE49330數(shù)據(jù)庫，我們發(fā)現(xiàn)miR-155的表達(dá)與SOCS6的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)(圖7B)。為了進(jìn)一步證實(shí)SOCS63’UTR是miR-155的直接靶標(biāo)，我們根據(jù)預(yù)測的結(jié)合位點(diǎn)(圖7C)構(gòu)建了SOCS63’UTR野生型(WT)和突變型(MUT)序列。...

6）Pex衍生的CD44v6和C1QBP的高表達(dá)預(yù)示著PDAC患者的肝轉(zhuǎn)移和低生存率采用免疫組化和westernblot檢測肝轉(zhuǎn)移灶周圍肝組織和正常肝組織的纖維化ECM微環(huán)境。與體內(nèi)實(shí)驗(yàn)一致，纖維連接蛋白、I型膠原和α-SMA水平***升高，而玻連蛋白和固生蛋白C水平下調(diào)(圖7A，B)。接下來，我們研究了外泌體衍生CD44v6和C1QBP在PDAC患者中的預(yù)后價(jià)值。外泌體CD44v6和C1QBP在PDAC組織中的表達(dá)明顯高于正常胰腺組織(圖7C)。此外，有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達(dá)明顯高于無肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者(圖7C)。免疫電鏡顯示，CD44v6和C1QBP在P...

在Jurkat和小鼠T細(xì)胞中檢測到多個(gè)肽上特異性磷酸化位點(diǎn)的***缺失，包括典型的CDK4/6靶標(biāo)RB和RBL 1/2 (Fig. 3D-F)。值得注意的是，RB在兩種細(xì)胞蛋白組學(xué)中重疊，并且是全基因組CRISPR/Cas9篩選*****的（Fig. 3B，3G），表明CDK4/6i介導(dǎo)的記憶形成是由RB介導(dǎo)。因此，靶向敲除RB1，可以消除CD62L的表達(dá)上調(diào)(Fig. 3H)。3’RNA-seq分析顯示RB缺失廢除了轉(zhuǎn)錄對CDK4/6i的響應(yīng)，包括SELL，其被CDK4/6i誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄改變被RB缺失所大幅度減弱了(Fig. 3I)。與此一致，靶向敲除RB1也廢除了***的初級小鼠CD8+T細(xì)...

2.TYRO3使**細(xì)胞對抗PD-1***耐藥 在同系BALB/c小鼠模型中比較了Tyro3過表達(dá)(Tyro3-OE)和4T1-P細(xì)胞對抗mPD-1***的反應(yīng)。在荷4T1-P**的小鼠中，抗mPD-1******減少**的生長，并延長了生存期。這些結(jié)果表明，盡管4T1-P**對抗mPD-1***有反應(yīng)，Tyro3的過表達(dá)促進(jìn)了這些**的耐藥性。為進(jìn)一步確定在4T1-R耐藥細(xì)胞中抗PD-1/PD-L1耐藥是否需要TYRO3，敲除4T1-R細(xì)胞(TYRO3–/–)中的TYRO3。荷瘤Tyro3敲低細(xì)胞的小鼠對抗mPD-1***敏感，**生長***減少，小鼠存活時(shí)間更長。這些結(jié)果證明TY...

PTEN功能的喪失通常與基因組的不穩(wěn)定性有關(guān)。此外，小鼠胚胎成纖維細(xì)胞(mef)中PTEN基因的缺失導(dǎo)致了未修復(fù)的DNA雙鏈斷裂的積累。PTEN缺失被認(rèn)為通過至少兩種分子機(jī)制促進(jìn)了基因組的完整性。在細(xì)胞核中，PTEN與著絲粒結(jié)合蛋白CENP-C結(jié)合，促進(jìn)著絲粒組裝和中期到后期的轉(zhuǎn)變。此外，作為轉(zhuǎn)錄因子E2F1的輔助因子，核PTEN似乎調(diào)節(jié)Rad51的表達(dá)，Rad51是DNA修復(fù)機(jī)制的關(guān)鍵組成部分。然而，后續(xù)的研究得出了不一致的結(jié)果，表明PTEN在轉(zhuǎn)錄水平上對RAD51的調(diào)控可能***于特定的細(xì)胞環(huán)境。 PTEN缺陷改變了多個(gè)細(xì)胞周期檢查點(diǎn)，可能留下更少的時(shí)間進(jìn)行DNA損傷修復(fù)和/或染...